Не существует твердых доказательств связи Сайго с кланом Кикути, но сам Сайго искренне верил в эту генеалогию. Во время своей ссылки на Амамиосима он начал использовать псевдоним Кикути Гэнго, недвусмысленно связывая себя с лоялистами четырнадцатого века. Друзья поддержали его выбор, начав надписывать свои письма к нему «великому правителю Кикути» (Кикути тайкун). Сайго не раз открыто связывал свою активность, направленную на поддержку императора, с защитой Годайго его сторонниками пятью веками ранее. Для человека, отправленного в ссылку собственным господином, мысль о родстве с Кикути была особенно утешительной. И Такэтоки, и Такэмицу совершали ошибки в своей жизни, но в конечном итоге они были признаны защитниками чести и справедливости. За счет родства с кланом Кикути Сайго мог несколько приуменьшить горечь от политического поражения и связать себя с полулегендарными героями. Родство с Кикути также усиливало приверженность Сайго императору и недоверие к сёгунату. Происхождение от Кикути превращало борьбу ц высокомерием сёгуната в дело семейной чести.

О родителях Сайго нам известно очень немного. Его отец, Сайго Китибэи (1807–1852), служил начальником налогового отдела в управлении финансов княжества. Он имел ранг косогуми, который был восьмым в иерархии из десяти самурайских рангов. Обладатели двух низших рангов — ерики и асигару — обычно исполняли только второстепенные обязанности, такие, как несение караульной службы, так что Китибэи по своему рангу был «белым воротничком» среди городских самураев. Как глава отдела, он занимал самую высокую должность, на которую ему можно было рассчитывать по своему статусу. Он имел репутацию честного, трудолюбивого и бескорыстного чиновника. О матери Сайго, Маса (?—1852), нам известно еще меньше. Ее отцом был местный самурай Сибара Кэнэмон. Впоследствии Сайго с теплотой отзывался о ней, как о терпеливой и заботливой женщине.

Сайго родился 7/12/1827, став первым ребенком у своих родителей. Согласно обычаю той эпохи, Сайго в течение жизни несколько раз изменял полученное при рождении имя. В феодальной Японии имена были не столько абсолютными идентификаторами личности, сколько показателями возраста и общественного статуса. Самурай изменял свое имя по мере взросления. Малыш, мальчик, женатый мужчина и удалившийся на покой глава семьи — каждый имел свой круг обязанностей, и поэтому смена имени была вполне естественным шагом. В первые годы своей жизни Сайго был известен как Сайго Кокити и Сайго Дзюроку, но в семилетием возрасте он получил имя Китиносукэ. Став взрослым, он взял имя Такамори. 10/2/1853, после смерти отца, он заполнил официальные бумаги, чтобы изменить свое имя на Дзэнбэй, а 8/10/1858 он взял имя Сансукэ, но в личной переписке продолжал использовать имена Китиносукэ, Такамори и Дзэнбэй. Сайго также был широко известен по своему поэтическому псевдониму Сайго Нансю, или Сайго с Юга, который он взял, находясь в ссылке. Как и все его современники, Сайго мог использовать несколько имен одновременно: официальное имя для работы, неофициальное в кругу друзей — и несколько псевдонимов, чтобы подписывать ими свои стихи.