десяти тысяч солдат с каждой из сторон, и в ходе ожесточенных столкновений стороны потеряли примерно по четыре тысячи человек. Хотя императорская армия еще не развернулась в полную силу, все равно она обладала значительным огневым превосходством, расходуя в ходе штурма более трехсот тысяч единиц боеприпасов для стрелкового оружия в день. Мятежники, напротив, страдали от недостатка боеприпасов, и, кроме того, их боеспособность была ослаблена капризами погоды. Проливной дождь делал бесполезными их заряжаемые с дула винтовки, а одежда из хлопка насквозь пропитывалась водой. Но они сражались мечами, увязая в грязи, и при этом напевали песенку о том, что они боятся дождя больше, чем пушек. Несмотря на такие тяжелые условия, повстанцы удерживали свои позиции до 20 марта, когда императорская армия прорвала их западный фланг и захватила гребень горы. Мятежники отступили на восток, до города Узки, где они удерживали свои позиции вплоть до 2 апреля. Героические усилия повстанцев задержали наступление императорской армии с севера, но это не принесло им особой пользы. 15 апреля императорская армия, наступая с юго-запада, разбила мятежников у Кава-сири и прорвала осаду замка Кумамото. За пятьдесят четыре дня осады гарнизон Кумамото потерял около 20 процентов солдат, и, поскольку запасы продовольствия в замке подходили к концу, офицеры уже строили планы самоубийственного прорыва. Как вспоминал командир гарнизона, увидев приближение правительственных войск, солдаты плакали так, «словно их дети воскресли из мертвых».

Сайго предвидел эти поражения месяцем ранее. 2 марта он все еще надеялся на то, что его сторонники в Тоса захватят Осака, после чего начнутся восстания по всей Японии, которые повлияют на ход войны. Однако к 12 марта его настроение полностью изменилось. Не прислушиваясь ни к чьим возражениям, Сайго настаивал на осаде Кумамото, а теперь осознал, что он «сам попал в их ловушку, схватив приманку, которой послужила осада замка». Враг приближался со всех сторон, угрожая постепенно ослабить его силы. Сайго еще не утратил всех надежд, но он сомневался в том, что кому-либо, будь это даже легендарный китайский воин Мэн Бень, который голыми руками вырывал рога из головы живого быка, теперь удастся повернуть вспять течение войны. Но, как утверждал Сайго, на самом деле это не имело для него большого значения. Он сражался не за победу, а за «возможность умереть ради принципа». Когда осада Кумамото была разорвана, Сайго отступил и вновь собрал своих людей у Хитоёси. Он стоял лагерем у Хитоёси с середины апреля до конца мая, надеясь получить подкрепление для своей ослабленной армии от симпатизирующих ему самураев из Тоса. Однако 27 мая, после трех недель мелких стычек с бунтовщиками, императорская армия начала генеральный штурм Хитоёси, и Сайго дал приказ к отступлению.

После отступления от Хитоёси характер боевых действий полностью изменился, и наступление повстанческой армии превратилось в длительное отступление. Между маем и сентябрем 1877 года императорская армия преследовала уменьшающиеся в размерах отряды мятежников вдоль и поперек Кюсю. Бунтовщики больше не пытались добраться до Токио, а хотели лишь ускользнуть от императорской армии и пробраться домой. Ввиду отсутствия боеприпасов многие из них отказались от огнестрельного оружия в пользу мечей, и они все чаще отдавали предпочтение партизанской тактике перед общепринятой. Рассредоточиваясь и перегруппировываясь, мятежники уменьшали численное превосходство врага, заставляя императорскую армию рассеивать собственные силы. Мятежники умело использовали особенности ландшафта, просачиваясь через горы и леса маленькими группами. Преследование началось в начале июня, после того, как Сайго направил основную часть своих сил на юг, в сторону селения Мияконодзё на полуострове Осуми, в то время как сам он прошел около пятидесяти миль на восток и в результате оказался на тихоокеанском побережье, у селения Миядзаки. Императорская армия пустилась в погоню и 24 июня разбила повстанцев около Мияконодзё, после чего повернула на север, чтобы начать преследование Сайго. Силы Сайго уходили от преследователей вдоль восточного побережья Кюсю до Нобэока, где 10 августа они подверглись массированной атаке со стороны правительственных войск. Императорская армия имела по меньшей мере шестикратное превосходство над оставшимися тремя тысячами солдат Сайго, но мятежники держали оборону целую неделю, после чего отступили в горы, на восток. Императорская армия сумела окружить Сайго на северных склонах пика Энодакэ, расположенного к северо-востоку от Нобэока. Ожидалось, что здесь будет положен конец войне. Джон Капен Хаббард, Капитан американского судна, зафрахтованного «Пароходной компанией Мицубиси» для транспортировки правительственных войск и припасов, присутствовал в Нобэока. 18 августа он услышал, что «мятежники полностью окружены и к вечеру с ними будет покончено». Однако на следующий день он узнал, что «Сайго и Кирино, вместе с другими лидерами… прорвались сквозь магический крут, как они уже не раз делали раньше». Сайго сбежал, прорубившись сквозь непроходимую чащу, и вновь привел в отчаяние императорскую армию. «Лично мне кажется, — продолжал Хаббард, — что до конца еще далеко». Повстанцы в конечном итоге будут побеждены, «но я думаю, потребуется время на то, чтобы их найти, и, вероятно, они появятся там, где их меньше всего ожидают». Хаббард был прав. Менее чем через две недели, 1 сентября, силы Сайго просочились обратно в Кагосима, город, оккупированный более чем семью тысячами императорских солдат. Бунтовщики собрались снова на гребне Сирояма, чтобы основать там свой последний рубеж.