При обычных обстоятельствах уединенная жизнь Сайго не представляла бы никакой угрозы для центрального правительства. Сайго критично относился к государству Мэйдзи, но публично он никогда не говорил ничего такого, что могло бы оправдать насильственные антиправительственные акции. Сайго даже помогал набирать войска для правительственной военной экспедиции на Тайвань в 1874 году. Однако центральное правительство и Сацума двигались пересекающимися курсами, и пассивность Сайго становилась все более опасной.

В центре конфликта находились две разные политические программы: желание построить мощное централизованное государство и желание сохранить Сацума в качестве отдельного территориально-политического образования. На ранней стадии это столкновение принципов проявилось в отношении к такому вопросу, как реформа самурайского содержания. После того как центральное правительство приняло на себя ответственность за самурайское содержание, оно попыталось ввести общенациональные стандарты и в 1870 году приказало префектурам устранить все разграничения внутри самурайского сословия. Кагосима проигнорировала этот приказ и, кроме полноправных вассалов, сохранила несколько низших категорий вассалов, таких, как асигару и фудзоку. После второго приказа, в 1872 году, Кагосима перегруппировала своих самураев в две категории, но это по-прежнему было нарушением первоначального правительственного приказа. Кагосима ограничила некоторые самурайские привилегии, такие, как право самостоятельно отправлять уголовное правосудие, но власть сельского самурая над простыми жителями деревни, по сути, осталась неизменной. Правительство префектуры также проигнорировало введение общенационального земельного налога, который разрушил феодальный обычай, предоставив крестьянам право частного владения землей. В 1873 году токийское правительство распорядилось также провести новое размежевание земель для расчета земельного налога, и Кагосима провела ограниченную подготовку для новой системы, но она была введена только в 1878 году, после окончания «войны на юго-западе». Политика Мэйдзи, открывающая вакансии на государственной службе для простолюдинов, почти не оказала никакого воздействия на Сацума, и все важные должности, даже в сельских администрациях, занимали самураи. Центральное правительство косвенно признало некоторую исключительность Сацума, назначив на должность губернатора префектуры местного уроженца, Ояма Цунаёси. Однако Ояма открыто противился проведению большей части правительственных реформ.

Это растущее напряжение между Сацума и Токио нашло свое отражение и в системе школ «Сигакко», которые, начиная с 1875 года, запретили своим ученикам покидать Сацума. Отныне выпускники «Сигакко» не могли продолжать свое образование в Токио или за морем без специального разрешения. Многие преподаватели и студенты нашли эти новые правила абсурдными, и из-за них повсеместно вспыхнули бурные дебаты. Например, в Кадзики, в одной из школ «Сигакко», дискуссии настолько обострились, что более семидесяти учителей и учеников покинули школу в знак протеста. В ноябре 1875 года спорящие стороны обратились к Сай-го, чтобы он выступил в роле посредника. Сайго сожалел о подъеме волны сацумского сепаратизма еще в 1872 году, и введенные ограничения находились в явном противоречии с его собственными взглядами на образование. Но Сайго вел себя на удивление пассивно и не смог защитить тех, кто выступал против ограничений. Его бездействие тут же было интерпретировано как молчаливое одобрение новой политики.