По мнению Окубо, подход Сайго к дипломатии был опасным и иррациональным. Со стороны Сайго было «опрометчиво» отправляться в Корею, не взвесив предварительно все плюсы и минусы войны. Однако для Сайго логика Окубо была такой же порочной. Невозможно защищать интересы императорского дома, не принимая во внимание фундаментальные принципы справедливости и чести. Недвусмысленное заявление Окубо о том, что Япония должна «пережить стыд», чтобы избежать бюджетного дефицита, по мнению Сайго, не заслуживало даже презрения. Сайго назвал его «самым большим трусом в Сацума». Заместитель министра юстиции Сасаки Такаюки, наблюдая за этим конфликтом, симпатизировал Сайго, но в то же время он был возмущен его тактикой. Сайго, считал Сасаки, хотел восстановить воинскую честь Японии, но в то же время игнорировал интересы японской политики ради удовлетворения своих личных целей.

Этот конфликт из-за Кореи высветил основную политическую проблему: как члены миссии, которые отсутствовали почти на целый год дольше ожидаемого срока, могли быть заново введены в состав правительства? Кто должен пожертвовать своей властью, чтобы освободить место для члена посольства? К октябрю в эту борьбу включились почти все главные фигуры в правительстве. Ивакура поддерживал Окубо, разделяя его мнение о том, что план Сайго является опасным и опрометчивым. Кидо возражал против миссии Сайго, но он все еще был сердит на Окубо и раздумывал о том, чтобы уйти из политики. Несмотря на свой пост императорского советника, он оказал Окубо лишь косвенную поддержку. Соэдзима, который стал членом императорского совета 13 октября, поддерживал Сайго. Соэдзима вернулся из Пекина в конце июля, заручившись тем, что он сам расценивал как обещание Китая не вмешиваться в отношения Японии с Кореей и Тайванем. Это была огромная победа, и поддержка Соэдзима значительно укрепила позицию Сайго. Это, Итагаки и Оки с самого начала были всецело на его стороне.

Императорский совет официально собрался 14 октября, чтобы еще раз рассмотреть вопрос о взаимоотношениях с Кореей. 12 октября Окубо был возвращен в императорский совет, но ему все еще не хватало голосов, чтобы отстоять свою программу, и 15 октября совет подтвердил назначение Сайго в качестве посланника. Окубо и Ивакура не хотели сдаваться, и они пригрозили уйти в отставку, если кабинет не отложит отправку миссии. Эта угроза — была нацелена в основном на Сандзё, который чувствовал, что он не сможет руководить работой правительства без Окубо. Однако Сайго предупредил Сандзё о том, что задержка посольства уронит авторитет императора, и зловеще добавил, что такое преступление можно искупить только смертью. Находясь, с одной стороны, под давлением Сайго, требовавшего доложить о решении совета императору, а с другой — настаивавших на отсрочке Окубо и Ивакура, 18 октября Сандзё сломался, став жертвой нервного расстройства или сердечного-приступа. В его отсутствие Ивакура стал премьер-министром (