17 сентября, во время пробы двигателя, произошла авария самолета № 0901. При подготовке к дальнему полету полностью заправленный самолет сгорел за 15 минут. От самолета остался лишь его контур, выжженный на бетоне, да останки двигателей. Первым выводом аварийной комиссии стало то, что причиной случившегося стала разрушившаяся лопатка первой ступени компрессора двигателя ВД-7Б, которая, пробив топливный бак самолета, и вызвала пожар. Дальнейшие исследования причин трагедии, а произошедшее, хотя и обошлось без человеческих жертв, иначе не назовешь, показали, что причиной всему стали автоколебания рабочих лопаток первой сверхзвуковой ступени компрессора. В свою очередь, они были связаны с нарушением управления положением угла лопаток входного направляющего аппарата двигателя (ВНА) и положения лент перепуска воздуха из компрессора в зависимости от приведенной частоты вращения компрессора.
Конструктивно положение поворотных лопаток ВНА определялось системой рычагов, связанных с рычагом управления топливным насосом-регулятором. Каждому положению этого рычага должны соответствовать определенный угол установки поворотных лопаток ВНА и приведенная частота вращения компрессора.
Авария заставила пересмотреть конструкцию системы управления лопатками ВНА, что впоследствии и привело к прикрытию лопаток ВНА, уменьшавших расход воздуха через двигатель на 13,6 процента и, как следствие, к снижению его тяги с 11 000 кгс до 9500 кгс. Это, как тогда казалось, временное решение и привело к появлению в 1959 году варианта двигателя ВД-7Б. Лишь спустя три года удалось создать двигатель ВД-7П, тяга которого возросла до 11 300 кгс.
К марту 1958-го, в соответствии с декабрьским 1957 года постановлением Совета Министров, на двух М-4 и двух 3М повысили, в частности, надежность бустерных систем управления самолетами и эффективность средств пожаротушения. Тогда же обеспечили принудительный переход на ручное управление системой кольцевания гидроусилителей всех органов управления и возможность ручного управления самолетом до скорости 500 км/ч, в том числе при взлете и посадке. Одновременно повысили надежность стопорения рулей. На самолете 3М увеличили скорость перекладки стабилизатора в полете, улучшили условия работы и обзор вперед штурмана-бомбардира и правого летчика.
Экипаж самолета 201М, установивший в одном полете семь мировых рекордов, в том числе груз весом 55 220 кг подняли на высоту 13 121 м. Сидят: второй летчик Б. Юмашев, командир экипажа Б. Степанов, ведущий инженер В. Кузовлев. Стоят: штурман В. Севостьянов, помощник ведущего инженера А. Охрытков, бортмеханик А. Инсанов, бортрадист И. Рыхлов
В 1959 году экипажи Б. Степанова и Н. Горяйнова на 3М под обозначением 201М установили восемь мировых рекордов, самыми значительными из которых были поднятие грузов весом 5000 и 10 000 кг на высоту 15 317 метров и груза весом 55 220 кг на высоту 13 121 метр. Именно это последнее достижение и послужило впоследствии одной из главных причин создания транспортного самолета 3М-Т (ВМ-Т).
Одновременно с рекордными достижениями на 3М экипаж летчика А.С. Липко в полете 21 октября на самолете М-4 («ДМ») под обозначением 103М (№ 0003) установил семь мировых рекордов, пролетев по замкнутому 1000-километровому маршруту с грузом 27 000 кг со средней скоростью 1028,664 км/ч. Это достижение стало возможно только после установки на самолет двигателей ВД-7, обозначенных в официальных документах, направленных в ФАИ, как Д-15 (изделий «15»).