На следующий день после начала войны начальник ЛИИ НКАП М. М. Громов утвердил акт об испытании самолета Ер-2 с моторами М-40Ф. Одной из задач испытаний являлась проверка максимальной скоростной дальности машины при длительности полета порядка 17–20 часов. В соответствии с расчетами максимальная скорость машины должна была составить 480 км/ч, на испытаниях удалось получить всего 448 км/ч. Недобор скорости ведущий инженер Н. С. Рыбко объяснял меньшей номинальной мощностью двигателей, неучтенной интерференцией открытых жалюзи системы охлаждения и крыла, а также неубирающимся хвостовым колесом.

В письме в наркомат авиапромышленности, направленном 5 августа 1941 г., Ермолаев высказывал претензии к двигателистам: «Установлено, что мотор М-40Ф при настоящем его состоянии не обеспечивает нормальной эксплуатации самолета. Основными недостатками мотора являются:

— пониженная по сравнению с официальными данными номинальная мощность мотора — 1160 л.с. вместо 1250 л.с.;

— недостаточная приемистость моторов при старте — 8–10 с вместо 1–1,5 с до установления полной мощности и оборотов мотора…

Приведенные дефекты влекут за собой недобор максимальной скорости на 28 км/ч, потолка на 1000–1200 м и не обеспечивают нормального старта самолета, завышая длину разбега на 200–250 м».

Весной и в начале лета 1941 г. довольно вялыми темпами продвигалось переоборудование самолета ТБ-7 зав. № 4225 двигателями М-40Ф. Машину оснастили новыми моторами еще в апреле 1941 г. и отправили в НИИ ВВС, но официальные испытания ее так и не начались, поскольку многие недостатки, в том числе и силовой установки, остались неустраненными. Принципиально неустранимым без капитального ремонта самолета оказалось, к примеру, отсутствие эффективного «керосинового» протектора на топливных баках. Обычная губка «аназот», разбухавшая в среде бензина и затыкавшая отверстия в бензобаках, не выполняла своих функций при появлении керосиновой течи. Что касается самих моторов, то они страдали отказами турбокомпрессоров, не желали устойчиво работать на большой высоте на экономическом режиме, а также самовыключались при планировании самолета на посадку.

Параллельно велись работы в ОТБ НКВД. Очутившись в «шарашке», А. Д. Чаромский был, разумеется, потрясен. Его, авторитетного специалиста, руководителя и знатока дизелей, беспощадно унизили и объявили «врагом народа». Клеймо ставилось ведь не только на конкретном человеке, но и на его семье… Вместе с тем оскорбленное самолюбие постепенно отступало под действием лозунга, якобы провозглашенного Л. П. Берия в одном из подразделений «спецтехотдела»: «Машина — в воздух, вы — на свободу!» Как это ни парадоксально, лишь попав в «шарашку», Чаромский освободился от гнета технических решений, которые тянулись «по наследству» от ранних версий АН-1 и создавали множество проблем при доводке дизеля. Начав работу в новом для себя коллективе ОТБ НКВД на заводе № 82, он получил возможность пересмотреть ряд важнейших узлов двигателя с учетом уже накопленного опыта. Оставшийся на свободе В. М. Яковлев не имел такого шанса и фактически оказался заложником старых ошибок, родимых пятен, накопившихся в конструкции М-40.