Суть формально-структурного морфемного разбора состоит в том, что в основе в первую очередь выделяется корень как общая часть родственных слов. Затем то, что идёт до корня, учеником должно быть осознано как приставка (приставки) в соответствии с представлениями ученика о том, встречались ли ему подобные элементы в других словах. Аналогично с суффиксами. Иначе говоря, главным при разборе становится эффект узнаваемости учеником морфем, внешнее сходство каких-то частей разных слов. И это способно привести к массовым ошибкам, причина которых — игнорирование того факта, что морфема является значимой языковой единицей. Отсутствие работы по определению значения морфем приводит в ошибкам двух типов, имеющих разную природу:

Ошибки в определении корня слова связаны с неразличением синхронного морфемного и исторического (этимологического) состава слова. Причём комплекс 2 неразличение современного и исторического морфемного состава слов берёт за установку, помогающую иногда в определении правильности написания, что вполне соответствует общей орфографико-пунктуационной направленности курса и учебника в целом. Так, в учебнике по теории в качестве иллюстративного материала приведён такой пример морфемного разбора слова искусство (ис-кус-ств-о). Очевидно, что такой подход не может способствовать корректному выделению корня в современной структуре слова и приводит к выделению в основе незначимых сегментов.

Ошибки в выделении приставок и суффиксов связаны с алгоритмом морфемного членения — с представлением большинства учащихся о слове как о веренице морфем, которые должны быть «опознаны» как уже встречавшиеся в других словах. Крайнее выражение разборов такого рода — случаи типа клю-чик (ср.: лёт-чик), я-щик (обой-щик). Но и при правильно определённом корне очень часто приходится сталкиваться с неправильным определением количества и состава приставок и суффиксов, если этих морфем в слове больше двух. Это связано, во-первых, с алгоритмом морфемного членения и, во-вторых, с тем, что в учебниках слова, имеющие более одной приставки и/или суффикса, практически не приводятся.

Формально-структурный подход к морфемному членению слова не является исключительно принадлежностью школьной практики. Аналогичный подход осуществлён в ряде научных изданий, например в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Ф. Ефремовой, где утверждается, что «морфемный анализ мало зависит от словообразовательного, так как обычно при членении слова используется сопоставительный метод, при котором практически не учитывается, что от чего образуется».

Формально-структурному подходу противопоставлен подход формально-смысловой (формально-семантический). Главная установка данного подхода и алгоритм морфемного разбора выходят из трудов Г. О. Винокура и состоят в неразрывности морфемного членения и словообразовательного разбора. О том, что этот подход является целесообразным и даже единственно возможным, писали многие учёные и методисты на протяжении многих десятилетий.

Подход учебных комплексов к вопросу о принципах и алгоритме морфемного членения различен: учебные комплексы 1 и 3 предлагают формально-смысловой подход к морфемному членению слова (комплекс 3 в большей степени, чем комплекс 1), комплекс 2 — формально-структурный.