Ёситомо и три его сына, Ёсихира, Томонага и Ёритомо, бежали в горы. Младшему, Ёритомо, было четырнадцать лет, он совершил обряд гэмбуку (совершеннолетия) незадолго до смуты Хэйдзи. Их продвижению мешали бури и снегопады, их задерживал раненый Томонага, который умолял отца убить его. В конце концов Ёситомо согласился выполнить эту ужасную просьбу, но жертва оказалась бесполезной, поскольку Тайра вскоре их все равно настигли. Ёситомо был убит в ванной.

Последовала серия таких зверских казней, что отсечение головы Тамэёси после смуты Хогэн показалась бы сущим пустяком. По приказу Киёмори палач обезглавил Минамото Ёсихира и Фудзивара Нобуёри. Тело Томонага эксгумировали и обезглавили, чтобы выставить его голову на обозрение вместе с головой его отца и головами многочисленных самураев более низкого ранга. В живых остались четыре юных сына Минамото. Ёритомо, сражавшийся рядом с отцом, был сослан в Идзу, где его должны были воспитывать в доме Тайра. Остальные все еще находились при матери. Узнав о смерти мужа, его вдова Токива бежала из Киото, прижимая младшего сына к груди, другой был привязан у нее за спиной, а старший держал ее за руку. С тех пор бегство Токивы стало источником вдохновения для многих японских художников. Кровавые отпечатки ее ног на снегу символизировали красный цвет знамен Тайра, пятнающий белое знамя Минамото. Токива могла бы скрыться, если бы не безжалостный Киёмори, который пытал ее мать до тех пор, пока пожилая дама не выдала местонахождение дочери. В конце концов, однако, какой-то проблеск гуманности тронул сердце Киёмори, чему немало способствовала блистательная красота Токивы, и он согласился пощадить ее сыновей при условии, что она станет его наложницей. Трех мальчиков не казнили и не сослали, а отправили для обучения в разные монастыри (см. приложение II, родовое древо Минамото).

Со смертью изгнанника Тамэтомо в 1164 г. остался в живых лишь один взрослый Минамото – почтенный старец Ёримаса, который отказался воевать во время смуты Хэйдзи. Он очевидно не представлял угрозы для Тайра, и его терпели при дворе. К 1180 г. Тайра Киёмори стал фактически властелином Японии, а отрекшийся император Го-Сиракава полностью от него зависел. В том же году осуществилась заветная мечта Киёмори, ибо с восшествием на престол императора Антоку он стал дедом императора. Он, наконец, переиграл Фудзивара в их собственной игре.

Киёмори, должно быть, был весьма удивлен, когда в том же 1180 г. узнал о заговоре Минамото против Тайра.