Перевод сочинений Феодора имел исключительное значение для сирийского христианства: вместе с библейскими толкованиями Феодора в сирийскую традицию вошли его христологические воззрения. Феодор Мопсуестийский говорил, в частности, о том, что Бог Слово «воспринял» человека Иисуса; безначальное Слово Божие «вселилось» в рожденного от Девы человека Иисуса; Слово жило во Христе, как в храме; Оно облеклось в человеческое естество, как в одежду; человек Иисус благодаря Своему искупительному подвигу и крестной смерти соединился со Словом и воспринял божественное достоинство. Феодор по сути говорил о Боге Слове и человеке Иисусе как о двух субъектах, чье соединение в одном Лице воплощенного Сына Божия является не столько онтологическим, сущностным, сколько условным, существующим в нашем восприятии: поклоняясь Христу, мы объединяем два естества и исповедуем не «двух сынов», но одного Христа — Бога и Человека [18] . В 20–е годы V столетия именно это учение легло в основу христологической доктрины Нестория, Патриарха Константинопольского, против которого выступил Кирилл Александрийский. Последний в своей полемике с несторианством настаивал на единстве Ипостаси Бога Слова: безначальное Слово есть то же самое Лицо, что и Иисус, родившийся от Девы; поэтому нельзя говорить о Слове и Иисусе как двух разных субъектах [19] . Христология Кирилла была подтверждена III Вселенским Собором, осудившим Нестория. Впоследствии, на V Вселенском Соборе, был осужден и сам «отец несторианства» — Феодор Мопсуестийский. Однако для восточно–сирийских христиан он навсегда остался непререкаемым авторитетом в области богословия. Этим в значительной степени объясняется тот факт, что Церковь Персии и всю восточно–сирийскую богословскую традицию стали называть «несторианской» — название, которое сама эта Церковь никогда к себе не применяла. Ответить на вопрос, насколько «несторианской» в действительности была и остается Церковь Востока, достаточно непросто. Большинство современных сирологов, а также сами представители Ассирийской Церкви Востока согласны в том, что эта Церковь никогда не была несторианской в том смысле, в каком несторианство осудил III Вселенский Собор. Во всяком случае, она не имела никакой исторической связи с Несторием.

Хотя эта Церковь почитает Нестория святым, она не является Церковью, основанной Несторием, — пишет современный богослов Ассирийской Церкви Востока Мар Апрем. — Несторий не знал сирийского, а сирийская Церковь Востока, находившаяся в Персидской империи, не знала греческого… Только после смерти Нестория сирийскую Церковь Востока, которая не принимала никакого участия в христологическом конфликте между Несторием и Кириллом и вообще не знала ничего об этих спорах при их жизни, стали, к сожалению, воспринимать как основанную Несторием [20].

Инкриминированное Несторию учение о «двух сынах» никогда не было официальной доктриной этой Церкви. Последнее подтверждается исповеданием веры Церкви Востока, сформулированным Католикосом Акакием в 486 году:

Что касается воплощения Христова, наша вера должна состоять в исповедании двух естеств: Божества и человечества. Но Божество, пребывающее с его свойствами, и человечество — с его, мы объединяем в одном прославлении. И единое поклонение подобает различию естеств, по причине совершенной их связи и нераздельности Божества и человечества. А кто думает или учит других, что страдание или изменение приражается Божеству нашего Господа, или не соблюдает относительно единства лица нашего Спасителя исповедания Бога совершенного и человека совершенного, да будет анафема