По переезде в Москву Рубинштейн снова оказывается поставленным перед задачей организационно-теоретической интеграции психологии, но уже в качестве директора Института психологии АПН СССР. Одновременно он создает кафедру психологии в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова и приглашает А. Н. Леонтьева, А. Р. Лурию, ученицу К. Левина Б. В. Зейгарник, П. Я. Гальперина и др. Трудно переоценить роль этой кафедры в деле подготовки отечественных психологов, теперь психология могла опираться на разработанные С. Л. Рубинштейном основы психологии. Научные исследования, развернутые на кафедре, непосредственно смыкались с подготовкой новых кадров, образуя целостный цикл развития и воспроизводства психологической науки.

В 1943 г. С. Л. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом Академии наук СССР, что означало признание роли психологии как самостоятельной науки. У него возникает замысел создания нового современного психологического института, в котором можно было бы реализовать теоретически и эмпирически новые принципы психологического познания, которые оказались несовместимы с эмпирическими челпановскими традициями. В 1945 г. ему удается сделать первый шаг к достижению этой цели – создать сектор психологии в Институте философии АН СССР. Своих учеников С. Л. Рубинштейн ориентирует на изучение истории отечественной психологии, психологического наследия И. М. Сеченова, линия которого им постепенно восстанавливается. Сам Рубинштейн, завершив в середине 1940-х гг. подготовку второго издания «Основ общей психологии», продолжает методологическое осмысление проблем мировой психологии, осуществляет анализ основных направлений американской и западно-европейской психологической мысли, определяет дальнейший курс развития отечественной психологии, ее первоочередные задачи.

В 1940-е гг. под влиянием требования войны начинается становление связи психологии и практики. Одной из важнейших практических проблем, вставших в этот период перед психологами, оказалась проблема восстановления трудо– и боеспособности после ранений. Рубинштейн уделяет огромное внимание этим работам, поддерживает развитие на их основе нейрофизиологии (исследования А. Р. Лурии), теоретически осмысляет данные, полученные в результате нарушений деятельности мозга, процессы реабилитации и компенсации. Проделав в «Основах общей психологии» анализ основных направлений развития советской психологии, ее прикладных и специальных отраслей (детской, педагогической и т. д.) Рубинштейн разрабатывает теоретические основы и практические формы интеграции ее направлений. «По его проекту в Институте философии (Волхонка, 14) построены специальные изолированные помещения для проведения экспериментов с помощью новейшей экспериментальной аппаратуры, полученной по репарациям из Германии. Он надеялся на базе этого Сектора организовать в будущем институт психологии АН СССР» (А. В. Брушлинский).

В этот период перед ним открывается возможность интеграции теоретического и эмпирического уровней науки (методологии, теории, эксперимента), обеспечения единства ее функционирования и воспроизводства. Благодаря научным контактам в Академии наук, ему удается следить за методологическим и теоретическим развитием проблем языкознания, физиологии, биологии, физики, т. е. Поддерживать высочайший уровень компетентности как методолога науки. Несмотря на изолировавший страну «железный занавес», Рубинштейн оставался одним из немногих психологов, который считал жизненно важным сохранить связь отечественной науки с мировой психологической наукой и продолжал неуклонно работать в этом направлении, включая и личные научные контакты с известными зарубежными учеными, общественными деятелями