Министр перестал считаться с членами политбюро. Они помалкивали, ожидая момента, когда можно будет с ним сквитаться. Даже Берия, по словам Меркулова, «смертельно боялся Абакумова и любой ценой старался сохранить с ним хорошие отношения».
Боялись его и другие чекисты. Абакумов нацелился на ближайшего бериевского соратника Богдана Кобулова, которого в 1945 году убрали из НКГБ. Эту историю рассказал начальник отдела «А» МГБ генерал-майор Аркадий Яковлевич Герцовский.
До войны Герцовский служил заместителем начальника 1-го спецотдела НКВД. Начальником был Георгий Александрович Петров, недавний помощник Кобулова. В конце ноября 1939 года, в субботу, в четыре часа ночи, завершив работу, они разъехались по домам. Буквально через час Герцовскому позвонил дежурный по отделу: Петров умер. Лечащий врач поставил диагноз: разрыв сердца.
Берия распорядился провести расследование. На вскрытии присутствовал начальник управления контрразведки Павел Васильевич Федотов. Провели экспертизу. Пришли к выводу, что смерть наступила в результате естественных причин. Впрочем, лечащий врач Петрова был арестован и расстрелян. Федотов сдал материалы о смерти Петрова в архив в 1947 году, когда уходил в Комитет информации (внешняя разведка). А год спустя Абакумов велел Герцовскому принести архивное дело. Сказал, что Петров умер не сам, а его умертвил Кобулов. Но добраться до Богдана Захаровича Виктор Семенович не успел.
Министр госбезопасности перестал улавливать замыслы вождя. Не очень грамотный (четыре класса образования) и не слишком проницательный, он оказался простоват для хитроумных комбинаций, постоянно рождавшихся в голове вождя. Не угадал далеко идущих планов Сталина, а прямых указаний вождь не давал.
Сталин предпочитал ронять намеки, полагая, что подчиненные ловят на лету каждое его слово. Льва Романовича Шейнина, который много лет возглавлял следственное управление союзной прокуратуры, однажды спросили: как именно Сталин давал указания — кого сажать, кого расстреливать?
— Товарищ Сталин не пахан, а глава государства, — объяснил Шейнин. — Его обязаны были понимать. А те, кто не понимал, сами быстро исчезали.
Судьба Виктора Абакумова решилась в ночь на 5 июля 1951 года в кремлевском кабинете Сталина. В половине первого ночи к вождю зашли Молотов, Булганин, Берия и Маленков. В своем кругу они беседовали полчаса. Ровно в час ночи вызвали ожидавшего в приемной министра государственной безопасности генерал-полковника Абакумова. А еще через сорок минут порог сталинского кабинета, трепеща от страха, перешагнул один из подчиненных Абакумова — сотрудник МГБ в скромном звании подполковника.
На столе лежало адресованное Сталину письмо, подписанное этим подполковником.
«Считаю своим долгом, — писал подполковник Рюмин, — сообщить Вам, что тов. Абакумов, по моим наблюдениям, имеет наклонность обманывать правительственные органы путем замалчивания серьезных недочетов в работе органов МГБ… Тов. Абакумов не всегда честными путями укреплял свое положение в государственном аппарате, и он является опасным человеком для государства, тем более на таком остром участке, как министерство государственной безопасности».