Началом конфликта принято считать события 16–18 мая 1989 года, когда в городе Кувасае (на востоке Ферганской области) произошли массовые драки между, с одной стороны, турецкой, с другой — узбекской и таджикской молодежью. За следующую неделю возбуждение в городе не спало, среди узбекской молодежи шли разговоры о том, что турок надо «проучить».

23 мая драки в Кувасае возобновились и переросли в крупные столкновения, которые продолжались 2 дня. С каждой «стороны» участвовало по несколько сот человек. Толпа пыталась прорваться в кварталы, населенные турками и другими меньшинствами, и учинить там погром. Власти попеременно пытались то уговаривать толпу, то разгонять ее силой. После прибытия дополнительных сил милиции (около 300 человек) из других районов и областей беспорядки были локализованы. По официальным данным, пострадали 58 человек, из них 32 были госпитализированы, а один человек — 26-летний таджик Икром Абдурахманов — скончался в больнице.

Однако основные события развернулись с 3 по 12 июня 1989 года. Хронология тех событий приведена далее по самой полной и авторитетной на данный момент статье российского исследователя И. Г. Осипова. [24]

3.06.1989.Областным властям было известно, что 3 июня в Ташлаке представители антикоммунистического узбекского народного движения «Бирлик» собирают митинг для организации районного отделения этого движения (учредительный курултай организации прошел в Ташкенте 27–28 мая). В этой связи власти всерьез опасались дестабилизации обстановки. В Ташлак были срочно переброшены дополнительные силы Ферганского УВД, также был мобилизован весь личный состав районного отдела внутренних дел (РОВД). Организаторов митинга 2 июня вызвали в областную прокуратуру и предупредили о возможных последствиях. Бирликовцы дали согласие не собирать митинг.

Однако утром 3 июня в Ташлаке все-таки собралась толпа молодежи. Наиболее агрессивно настроенная часть устремилась на улицы, где жили турки. Начались поджоги турецких домов и избиение их хозяев. Затем толпа двинулась в поселок Комсомольский.

Типичная картина на улицах Ферганы, 1989 год. Фото с сайта http://khaidarkan.narod.ru

Группа солдат внутренних войск ввиду своей малочисленности не смогла блокировать толпу, и дома турок в Комсомольском были разгромлены и сожжены. Часть погромщиков вернулась в Ташлак, где продолжила нападения на турок, тогда и произошли первые убийства. Бежавшие от погромщиков турки собирались под охраной милиции в здании райкома партии. К вечеру толпа численностью 300–400 человек учинила погромы и поджоги домов турок в Маргилане. Одновременно поступили также сообщения о нападениях на турок в Фергане.

4.06.1989.С утра 4 июня специально выделенные автобусы в Ташлаке до полудня собирали и свозили турок в здание райкома, где к тому времени собралось более 500 человек. В ночь с 3 на 4 июня в Фергану стали прибывать подразделения ВВ МВД СССР. С утра нападения на турок и поджоги возобновились в Фергане, Маргилане и Ташлаке. Погромы начались в других местах, где проживали турки. Толпа требовала освобождения тех, кого милиция задержала накануне, и выдачи турок на расправу.