15 октября 1939 г. уцелевшая рота боевиков была доставлена в город Бранденбург и реорганизована в подразделение под кодовым названием «800-я учебная строительная рота для специальных заданий». В январе 1940 г. роту преобразовали в батальон. Часть его выделили в 100-й батальон специального назначения, который участвовал в нападении на Голландию и Бельгию. В октябре 1940 г. появился полк «Бранденбург». Штаб «Учебного полка спецназначения Бранденбург 800» находился в Берлине. Отдельные батальоны размещались в разных городах Германии и предназначались для операций в определенных районах.
1—й батальон, в составе которого числилась воздушно-десантная рота, был расквартирован в Бранденбурге. Он был укомплектован балтийскими немцами и фолькдойч из Восточной Европы и нацелен на восточное направление, на СССР. Второй батальон, в Бадене под Веной был сформирован из венгерских, румынских и балканских немцев для действий в юго-восточной Европе. В состав третьего батальона (г. Дурен на Рейне) включили немцев из западно-европейских, африканских и южноамериканских государств. Их сферой интересов считалась Западная Европа.
В 1941 году, незадолго до нападения на СССР, в полку сформировали батальон «Нахтигаль» (Соловей), полностью состоявший из украинских националистов. Позже к нему добавился батальон «Роланд», укомплектованный бельгийскими, голландскими и французскими фашистами. Численность каждого из пяти батальонов была около тысячи человек.
В 1942 году появились две особые роты: 15-я, размещенная в финской части Карелии и «Бергманн» (Горец), состоявшая из чеченцев. К ним вскоре добавились персидская, арабская и индийская роты. Одновременно были расширены немецкие батальоны. В результате в 1942 году полк стал дивизией, но сохранил прежнее название. Однако весной 1944 года основную часть спецдивизии преобразовали в мотопехотную дивизию «Бранденбург». А меньшая часть бойцов «Бранденбурга» составила отдельные диверсионные роты.
Все батальоны и роты «Бранденбурга» предназначались для совершения диверсий в тылу противника незадолго до наступления регулярных войск. Планировались рейды для захвата стратегических объектов: мостов, туннелей, коммуникационных узлов и т.д. В ходе обучения солдаты осваивали технику разминирования и удержания объектов до подхода передовых частей. Кроме того, они выполняли шпионские и разведывательные задания перед началом операций. От диверсантов «Бранденбурга» требовали высокой физической кондиции и психологической готовности к экстремальным условиям. Кандидатов подбирали среди солдат, склонных к риску и приключениям. Еще одно условие — знакомство с языком предполагаемого противника. Вербовка шла среди военных различной специализации: снайперов, ныряльщиков, саперов, парашютистов, связистов и др. У многих был военный опыт.
При обучении большое внимание уделяли незаметному движению на местности, умению бесшумно убивать, стрельбе из разных видов оружия, марш-броскам, ориентации, выживанию и маскировке. Отношения между командирами и подчиненными в батальонах отличались от обычной военной дисциплины и носили скорее дружеский характер. В акциях применялись всевозможные трюки: диверсанты действовали в гражданской одежде либо переодевались в мундиры противника (в нарушение международного права). Дозволялось все. Солдаты «Бранденбурга», переодетые в чужие мундиры, неоднократно изображали из себя раненых или колонны снабжения. Кроме того, они пользовались формой железнодорожников, шахтеров, притворялись почтальонами, сторожами и даже гражданскими беженцами. Ими неоднократно совершались военные преступления.