Отец Иоанн в поучениях, беседах и дневниках часто напоминал, что грех, беззаконие томит человека, вселяет в него тоску, терзание совести, и наоборот, свобода от страстей бодрит сердце и освежает весь организм. Здесь сказался духовный опыт батюшки, неусыпно боровшегося с греховной природой.

Любил отец Иоанн говорить о пространстве сердечном, коего сам постоянно искал и просил у Господа. А определял он это так: это состояние духа, когда не гнетет тебя ни уныние, ни скука, ни страх, ни какие-либо другие страсти. Оно открыто для восприятия духовных благ и переполняется ими. Ему противоположна туга душевная, происходящая от всякого рода скверны и удаления от нас благодати Божией.

Отец Иоанн восхвалял простоту, указывая на то, что Сам Господь есть Простое Существо. Вера, трудолюбие, обходительность, смирение, незлобие, тихость, покорность, послушание — все это, пояснял батюшка, возрастает на почве простой души.

Отец Иоанн во всем добивался совершенства. Так, признавал только сердечную глубокую молитву, а поспешную и рассеянную считал одним лишь воздухобиением. Придавал значение каждому своему слову, потому никогда не говорил ничего лишнего. Человеческая речь, объяснял великий пастырь, есть образ слова Божия, и как таковая она должна быть свята и справедлива. Отсюда не должно быть противоречия между словом и делом: что сказано и обещано, то и следует исполнять.

На все члены организма смотрел как на чистые творения, долженствующие возбуждать только возвышенные чувства.

Все земное отец Иоанн переводил на святое, высокое, всемерно старался, если можно так выразиться, "раствориться небесным". Для него везде и во всем был только Бог; вся жизнь, все силы души его направлялись к этому. Иными словами, в духовном кругозоре батюшки земля сближалась с Небом, и чувства его являлись органом для восприятия не столько внешних, сколько духовных впечатлений.

Отец Иоанн не любил оставаться в долгу у кого бы то ни было, а в особенности у тех, кто ему оказывал услуги. Перед праздниками Рождества Христова и Пасхи им подписывались списки лиц, которым надлежало выдать так называемые "чаевые". Сюда входили телеграфисты, почтальоны, полицейские чины и другие лица. Даже в последний год жизни, уже больной, батюшка не забыл своего обычая и торопился составлением списков, а то, говорил он, "не успею".

Перенесши в начале 1906 года болезнь, отец Иоанн, доселе бодрый, неутомимый и жизнерадостный, сразу осунулся, подряхлел и стал чувствовать упадок сил, однако не прерывал своей жизненной задачи — ежедневного служения Божественной литургии и посещения страждущих.

Последнюю обедню служил отец Иоанн 9 декабря 1908 года. С этого дня болезнь его приняла тяжелую форму, так что он был принужден прекратить прием посторонних лиц и почти все время полулежал в кресле при открытой форточке. Неосторожный выезд на прогулку 17 декабря в пролетке случайного извозчика еще более усилил нездоровье светильника Божия. Он весь ослаб и 19-го утром уже не мог выйти в переднюю для встречи священника со Святыми Дарами, как делал ежедневно. В предсмертные дни батюшка иногда стонал, что свидетельствовало о его тяжких страданиях, от всяких лекарем в отказывался и пил только святую воду из источника преподобною Серафима Саровского.