В ноябре 1938 г. Серебрянский был арестован в аэропорту по прибытию из зарубежной командировки по обвинению в шпионаже. На первоначальном этапе следствие по его «делу» вел будущий министр госбезопасности В.С. Абакумов.
7 июля 1941 г. по сфабрикованным обвинениям Я.И. Серебрянский был приговорен к высшей мере наказания, но уже в августе того же года был освобожден по личному распоряжению И.В. Сталина по ходатайству начальника Особой группы при наркоме внутренних дел П.А. Судоплатова. В годы Великой Отечественной войны Я.И. Серебрянский находился на руководящей работе в IV управлении НКВД, организовывавшем разведывательную работу на временно оккупированной германскими войсками территории СССР.
Основанием для повторного его ареста стало… «дело» 1941 г. и «сомнительные», по мнению следствия, обстоятельства его освобождения.
30 марта 1956 г. Я.И. Серебрянский скончался на допросе у следователя Прокуратуры СССР в помещении Бутырской тюрьмы[301].
В мае 1971 г. решением Военной Коллегии Верховного Суда СССР приговор 1941 г. в отношении Я.И. Серебрянникова был отменен, а он реабилитирован.
Не менее трагична судьба и еще двух прославленных руководителей совнтской разведки. Генерал-лейтенант Павел Анатольевич Судоплатов (1907–1996), также начинал службу в органах ВЧК еще в 20-е годы, а, перейдя позднее в ИНО, он неоднократно выезжает в загранкомандировки.
В декабре 1938 г. Судоплатов исполняет обязанности начальника 5 отдела (разведки) Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. В начале Великой Отечественной войны П.А. Судоплатов возглавляет Особую группу при наркоме, в январе 1942 г. преобразованную в IV управление НКВД СССР, которое организовывало всю зафронтовую работу органов безопасности.
После войны Судоплатов продолжал службу на руководящих должностях в МГБ-МВД СССР. 21 августа 1953 г. П.А.Судоплатов был арестован «как участник дела Берии и его банды» и в 1956 г. осужден на 15 лет лишения свободы.
21 июля 1953 г. по «делу Берии» был арестован и генерал-майор Наум Исаакович Эйтингон (1899–1981), начавший службу в органах ВЧК в октябре 1919 г. С 1924 г. он — сотрудник Иностранного отдела ОГПУ, неоднократно выезжал в загранкомандировки (Китай, Турция, США, Франция, Бельгия), где возглавлял легальные и нелегальные резидентуры (Испания, Мексика).
С мая 1941 г. Н.И. Эйтингон — заместитель начальника 1-го управления НКГБ СССР, с июля 1941 г. — заместитель начальника Особой группы П.А. Судоплатова при наркоме. Являлся одним из руководителей партизанского движения как на временно оккупированных территориях СССР, так и в Польше, Чехословакии, Болгарии, Румынии.
В послевоенные годы — заместитель начальника нелегальной разведки, координатор работы по обеспечению создания советской атомной бомбы.
В октябре 1951 г. Эйтингон был арестован по так называемому «делу о сионистском заговоре» (его сестра С.И. Эйтингон была арестована по сфальсифицированному «делу врачей»), и был приговорен к 10 годам лишения свободы. В марте 1953 г., после прекращения «дела врачей», освобожден по распоряжению Л.П. Берии и восстановлен на работе в органах госбезопасности.