Производство самолета шло по отработанной на планере схеме широкой кооперации, и первые машины просто переоборудовали из планеров. Его кили собирали в Кирхгайме, в центре Германии, и отвозили на юг, в Лайпхайм. Шасси поставляла Шкода в Пилзене. Общую сборку по-прежнему производили на открытом воздухе. Небольшая группа конструкторов и технологов Мессершмитта руководила работой двух тысяч малоквалифицированных рабочих, многие из которых были иностранцами.
Осенью 1942 года Вилли уже поздравлял первую группу летчиков транспортной авиации, летавших на Ju-52 и теперь прошедших переподготовку на Ме-323D-1 здесь, в Лайпхайме. А перед Новым годом Вилли получил очень приятный подарок – письмо с подробным описанием демонстрации боевой эффективности его 323-х в обеспечении успешной войсковой операции на побережье Туниса. Его самолеты из Неаполя вовремя доставили на захваченный плацдарм у города Бизерты много орудий, с помощью которых удалось за два дня ожесточенных боев подбить 28 американских танков и развить плацдарм. Там же, в Северной Африке, эти большие тихоходные и неповоротливые самолеты проявили высокую живучесть под огнем с воздуха. Вилли очень гордился своими гигантами.
Доставка грузов по воздуху самолетами Мессершмитта
Но ожесточенная война в Средиземноморье не обходилась без потерь. Многие машины были повреждены на земле во время налетов английских и американских бомбардировщиков и истребителей. Всего здесь было потеряно 83 транспортника Мессершмитта, из них сбито было только 25.
Вилли знал из донесений, что после недолгого отдыха, пополнения личным составом и новыми Me-323E-1 эскадру его транспортников перебросили на Восточный фронт на авиабазы Кечкемет в Венгрии и Фокшаны в Румынии. Оттуда они отправлялись для выполнения заданий на различные участки фронта – от Севастополя до Риги. В конце 1943 года – начале 1944 года самолеты доставляли различные грузы войскам, сражавшимся на Никопольском плацдарме. Начиная с ноября 1943 года и до начала мая 1944 года две эскадрильи регулярно выполняли полеты из Одессы в Севастополь и обратно. В первой половине апреля они доставили 30 артиллерийских орудий. Активность советских истребителей была невысокой. Лишь один Me-323 был ими сбит. Украинским партизанам повезло больше. Огромный, медленно летящий на небольшой высоте самолет представлял собой хорошую мишень, и им удалось завалить два транспортника.
Всего на Восточном фронте 323-е произвели 2000 вылетов, в которых перевезли почти 18 тыс. тонн грузов. Военно-транспортный самолет Мессершмитта превосходил основной транспортник Люфтваффе Ju-52 по грузоподъемности в пять раз, а по расходу бензина на тонно-километр – почти в два раза. Простые, доступные материалы, примененные в конструкции Me-323, сделали его относительно недорогим и очень ремонтопригодным. Большая дверь в носу фюзеляжа обеспечила свободный доступ в грузовую кабину на всю ее ширину и высоту, что очень облегчало погрузочные работы. Установка второй палубы заметно расширила транспортные возможности самолета.