Главный прокурор Хайнер Зауэр, ранее возглавлявший западногерманское Бюро регистрации политических преступлений, особое внимание уделял пограничным инцидентам. Это учреждение, расположенное в Зальцгиттере, ФРГ, было создано после того, как 13 августа 1961 года была воздвигнута Берлинская стена. Вилли Брандт, бывший в то время мэром Западного Берлина, решил, что необходимо регистрировать все преступления, совершенные восточногерманскими пограничниками. По его приказу была учреждена центральная регистратура для регистрации всех случаев, когда пограничники ГДР открывали стрельбу по безоружным беглецам, а также других серьезных инцидентов. С 13 августа 1961 года и до открытия границы 9 ноября 1989 года было зарегистрировано 186 убийств на границе. Однако когда были открыты архивы Штази, следователи обнаружили, что за попытку перебежать на Запад своими жизнями заплатили по меньшей мере 825 человек. Эту цифру и передали в суд, судивший бывших членов Совета национальной обороны. Помимо этих пограничных инцидентов регистратура учитывала также подобные преступления, совершавшиеся внутри ГДР. К осени 1991 года ведомство Зауэра зарегистрировало 4444 случая убийств или покушений на убийство и около 40 000 приговоров, которые суды ГДР вынесли за «политические преступления».

В первые годы работы учреждения Зауэра подробности политических преследований становились известными только после того, как жертвы выкупались Западной Германией или высылались. С 1963 по 1989 годы за освобождение 34 тысяч политзаключенных ФРГ заплатила коммунистическому режиму 5 миллиардов марок, т. е. почти 3 миллиарда долларов. Цена за голову назначалась разная, в зависимости от значения того или иного заключенного или продолжительности срока. В некоторых случаях выкуп достигал до 56 000 долларов. Самая большая сумма, когда-либо выплаченная властям ГДР, составила 450 000 марок, или 264 705 долларов (по курсу 1,70DM за 1$). Объектом выкупа в этом случае был граф Бенедикт фон Хоэнсброэх. Студент, которому едва перевалило за двадцать, он в то время, когда была возведена Берлинская стена, посещал университет в Западном Берлине. Штази арестовало его при попытке помочь людям бежать из ГДР. Он получил десять лет исправительно-трудовых работ. Этот случай получил широкую международную огласку, потому что семья Хоэнсброэха находилась в родственных отношениях с бельгийской королевой Фабиолой, которая обратилась к властям ГДР с соответствующим ходатайством. Почуяв запах больших денег, те сперва потребовали от отца молодого графа свыше 1 миллиона долларов. Начался торг, и в конце концов обе стороны сошлись на сумме 450 000 марок, из которых правительство ФРГ заплатило 40 000 марок, или 23 529 долларов. Операции, связанные с выкупом, полностью находились в ведении Штази.

Политические заключенные, выходившие в ГДР на свободу, не могли регистрироваться в ФРГ, потому что их дела были секретными. Они давали подписку о неразглашении, в противном случае их ожидал еще один срок. Тем не менее в первый год после объединения ведомство Зауэра добавило к уже имевшимся еще 20 000 задокументированных случаев, после чего общее количество таких дел составило 60 000. По словам Зауэра, в конечном итоге число политических дел составит порядка 300 000. В каждом случае была замешана Штази. Она либо арестовывала таких людей, либо проводила предварительное следствие, в ходе которого «признания» вырывались с помощью физического или психологического воздействия, особенно в период с конца войны по середину шестидесятых годов.