По мнению Франко Веркентина, берлинского эксперта по законодательству, которому германский парламент поручил анализ коммунистических преступлений, те, кто сейчас рассматривает дела обвиняемых, столкнулись с очень трудной задачей из-за общего кризиса германской юстиции после второй мировой войны. Ни один судья или прокурор, служившие нацистскому режиму, не были привлечены к судебной ответственности за злоупотребление, или, точнее, извращение юстиции — даже те, кто выносил смертные приговоры за преступления, которые в демократическом обществе считали бы незначительными правонарушениями. Веркентин назвал это явление «клоакой юстиции».
Конечно, преступления, совершенные коммунистами, по своей отвратительной сути не могут сравниться с тем, что совершалось нацистами в отношении евреев и населения оккупированных территорий. Однако жестокое угнетение своего народа при помощи средств, включавших наряду с вынесением смертных приговоров в судебном порядке и обычные убийства, ставит руководство СЕПГ на одну доску с гитлеровской бандой. В этом смысле Вальтера Ульбрихта или его преемника на посту генерального секретаря ЦК СЕПГ и главы государства Эриха Хонеккера и главу тайной полиции Эриха Мильке вполне можно сравнить соответственно с Гитлером и Гиммлером.
Были подписаны ордера на арест Хонеккера и Мильке. Советское правительство помогло Хонеккеру бежать в Москву, где его принял под свое крыло советский президент М. С. Горбачев. После распада СССР президент России Б. Н. Ельцин выслал Хонеккера из страны. По возвращении в Германию тот был арестован, однако суд решил не проводить судебного процесса, поскольку у Хонеккера врачи обнаружили рак печени. Вместе со своей женой Марго Хонеккер вылетел в Чили, где жила их дочь, вышедшая замуж за чилийца и ставшая гражданкой этой страны. Его ссылка длилась недолго. В 1994 году бывший лидер ГДР скончался. Мильке не столь повезло. Его соратники из КГБ повернулись к нему спиной. Мильке судили в Германии за убийство в 1931 году двух офицеров полиции, признали виновным и приговорили к шести годам тюремного заключения. От других обвинений отказались ввиду преклонного возраста и слабого здоровья обвиняемого.
Всего в состав политбюро входил 21 человек. Из них судили еще троих. Бывшего министра обороны Гейнца Кесслера обвинили в убийстве, потому что он отдал приказ стрелять по всем, кто пытался перебежать на Запад. Он получил семь с половиной лет.
Вместе с Кесслером судили и еще двух членов ЦК и Совета Национальной обороны, которые получили один — семь с половиной лет, а другой — пять. Член политбюро и глава коммунистических профсоюзов Гарри Тиш был признан виновным в растрате казенных средств и приговорен к восемнадцати месяцам тюрьмы. Еще шесть высокопоставленных лиц, включая Эгона Кренца, преемника Эриха Хонеккера на посту генсека, были отданы под суд по обвинению в убийстве. Кренца признали виновным и 25 августа 1997 года приговорили к шести с половиной годам тюрьмы.
Однако и теперь, восемь лет спустя после объединения, деятельность многих из 165 членов ЦК так и не подверглась проверке. В 1945 году нацисты, занимавшие аналогичные или даже менее значительные посты, были арестованы союзниками и провели месяцы или даже годы в лагерях, пока рассматривались их дела. Более того, международный трибунал в Нюрнберге признал преступными организациями Рейх и всех его политических руководителей, СС, СД, СА и верховное командование вооруженных сил. О том, чтобы предпринять такие же действия против функционеров коммунистического режима и офицеров Штази, никто всерьез и не помышлял, несмотря на имевшиеся документы о десятках тысяч политических процессов и нарушений прав человека. После падения восточногерманского режима германские судебные власти изо всех сил старались всячески избегать всего, что могло произвести впечатление охоты за ведьмами или использования правосудия для сведения политических счетов. Прокуроры и судьи пытались быть объективными и беспристрастными и зачастую приостанавливали судебные разбирательства, требуя соответствующих постановлений верховного суда во избежание возможных расхождений с конституцией.