Когда советские танки подавили сопротивление венгров и навязали народу режим Кадара, Имре Надь со своими сотрудниками нашел прибежище в посольстве Югославии. По уговору с Андроповым Кадар гарантировал им амнистию. В своем послании бывшему премьеру он писал, что укрывшиеся в югославском посольстве могут без всяких опасений вернуться к себе домой и жить спокойно, поскольку им не грозят никакие репрессии. В ночь на 22 ноября Надь и его сподвижники вышли из здания посольства и сели в автобус, который ожидал их, чтобы развезти по домам. Но вместо этого их отвезли прямиком в советское посольство, к Андропову. Надь и его спутники были схвачены, переправлены в Румынию и вскоре тоже расстреляны.
1957 году Андропов был щедро вознагражден партией и правительством: его назначили заведовать. Отделом социалистических стран ЦК КПСС. Этот пост позволял ему постоянно присутствовать на заседаниях Политбюро и в то же время требовал частых поездок в соцстраны. Но, как бы успешно ни справлялся он тут со своими обязанностями, все же он оставался по существу высокопоставленным партийным администратором, но чиновником и не лидером, оказывающим влияние на высокую политику.
В 1967 году Андропов сделался председателем КГБ и, таким образом, непосредственно взял в свои руки рычаги власти. Говоря объективно, под его руководством это ведомство добилось за каких-нибудь 15 лет исключительных успехов. Не в последнюю очередь они объясняются тем, что Андропов лично вникал во все стороны деятельности КГБ. Если не по его инициативе, то, во всяком случае, с его одобрения реализовались все основные направления развития этого ведомства, осуществлялись все сколько-нибудь крупные операции. Поэтому, рассматривая действия КГБ за андроповский период, мы можем составить себе достаточно четкое представление о характере Андропова, складе его мышления и его мировоззрении.
При Андропове в составе КГБ было организовано принципиально новое управление — Пятое, с такими функциями: дискриминация евреев, преследование верующих, искоренение всех видов самиздатской деятельности и вообще инакомыслия. Выкорчевывание ереси было поставлено на научную» основу и стало более систематическим, чем когда бы то ни было за тридцать лет, истекших после смерти Сталина. В 1977 году в речи, посвященной памяти первого главы советской тайной полиции, Андропов заявил: «Мы стараемся помочь тем, кто запутался, дать им возможность пересмотреть свои взгляды и избавиться от заблуждений.
При Андропове КГБ ввел в повседневную практику злоупотребления психиатрией как метод подавления инакомыслия. Начиная с 1967 года были организованы вновь либо расширены многочисленные психиатрические лечебницы. Без какого бы то ни было суда, не затрудняя себя поисками «доказательств вины» и как будто не переступая рамок «законности», психиатры-гебисты получили возможность отправлять людей в заключение на любой срок. Для этого оказалось достаточно констатировать, что такой-то гражданин «страдает параноидальной манией переустройства общества» или «склонностью к беспочвенному морализаторству», или «болезненной переоценкой собственной личности», или, наконец, «проявляет недостаточное понимание окружающей реальности». В своих психушках КГБ может сколько угодно экспериментировать на жертвах режима, доводя их до полуживотного состояния с помощью лекарственных средств, разрушающих мозг и деформирующих психику. Эти злоупотребления психиатрией, многократно подтвержденные свидетельствами честных советских и зарубежных психиатров, представляют собой одну из гебистских реформ, приписываемых лично Андропову.