С такими мыслями он, как верный и благоразумный правитель, начал насыщать духовной пищей Божественного слова алчущие души. Он проповедовал в святых церквах с великой любовью, добротой и смирением. До того времени в результате либо небрежения, либо необразованности его предшественников, вся его епархия была исполнена беспорядка и беззакония, и церковное общество пребывало в испорченном состоянии. Св. Макарий, подобно новому Зоровавелю[48], принялся с великой ревностью и усердием восстанавливать церковную жизнь, освобождая ее от всякой испорченности. Прежде всего он уволил на покой всех недостаточно образованных священников, а также тех, кто был не в состоянии достойно совершать священническое служение из-за преклонного возраста. Затем он запретил всем священникам принимать участие в политике, ибо в то время во многих местах существовал дурной обычай, когда одни и те же лица были священниками и «ходжамбасидесами»[49]. Тех, кто не подчинялся этому установлению, он запрещал в священнослужении. При рукоположении священников он строго соблюдал Апостольские и Соборные правила. Он никогда не рукополагал за деньги ни священников, ни других причетников. Он возводил в духовный сан только того, кто был достоин по дару Духа Святого. Более того, он не рукополагал никого, кто не достиг соответствующего возраста, несмотря на то что в его епархии была нужда в священниках. Проверяя тех, кто хотел стать священниками, он посылал всех, кто был недостаточно подготовлен, в монастыри, чтобы они могли там потратить на образование и подготовку деньги, которые прежде они бы отдали за рукоположение. Он не рукополагал также диаконов во священников, не обучив их прежде всего правильному совершению всех церковных служб, и раздавалвсем клирикам Катехизис для изучения. Во всех городах и деревнях своей области он поставил большие крестильные купели для того, чтобы Святое Крещение совершалось по всем правилам нашей Святой Православной Церкви. Святой иерарх совершил множество других поучительных и спасительных дел. Он строил школы по всей своей епархии и богоугодно, с отеческой заботой пас свое словесное стадо.

Но вот в 1768 году, во времена правления султана Мустафы, началась война между русскими и турками, и русский флот появился около Пелопонесса. Отец св. Макария, предвидя и опасаясь трагических последствий, взял его и всю семью и направился на остров Закинф. На пути они столкнулись с пиратами, которые отняли у них все, что они имели, к счастью не лишив никого из них жизни. Так после многих страданий они приехали на Закинф. Обитатели острова приняли их с добротой и сочувствием и обеспечили их одеждой и пищей. Они оказали особую честь св. Макарию, которого почитали как нового апостола Христова.

Позже Макарий поехал на остров Кефалонию для того, чтобы приложиться к мощам св. Герасима. Через три месяца он вернулся на Закинф и прожил там еще три года. Затем он отправился на остров Гидру, где оставался в монастыре Пресвятой Богородицы до тех пор, пока в 1774 году не был восстановлен мир между русскими и турками.