В конце августа – начале сентября 1942 года было проведено совещание руководящих работников Наркомата обороны и ЦШПД с представителями подпольных партийных органов, командирами и комиссарами крупных партизанских формирований. Итоги совещания и важнейшие направления борьбы в тылу врага были сформулированы в приказе Наркома обороны И. В. Сталина от 5 сентября 1942 года «О задачах партизанского движения». Приказ в корне менял предвоенные взгляды на роль, место и формы партизанской войны. Уже сам факт, что задачи партизанского движения определялись не партийным документом, а приказом наркома обороны, говорил о том, что партизанские действия вновь рассматривались как один из видов боевых действий вооруженных сил в тылу противника, которому отводилась стратегическая роль в вооруженной борьбе. В нем утверждалось, что разгром германских армий может быть осуществлен только одновременными боевыми действиями на фронте и мощными непрерывными ударами партизанских отрядов по врагу с тыла. Приказ нацеливал партизанские отряды прежде всего на нарушение работы железнодорожного транспорта противника с использованием диверсионных способов и приемов борьбы, ведение непрерывной разведывательной работы в интересах Красной Армии.

6 сентября 1942 года была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б) Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Им было внесено предложение о создании в тылу немецких войск регулярной партизанской армии. Организация, подготовка и ведение партизанских действий по замыслу маршала должны были стать составной частью военных действий РККА в оперативном и стратегическом масштабе. Однако уже 11 ноября пост Главнокомандующего был упразднен, а ЦШПД в качестве военно-оперативного органа партии подчинен непосредственно Ставке ВГК. 7 марта 1943 года Постановлением ГКО ЦШПД был расформирован, но в мае того же года вновь восстановлен. По мнению П. К. Пономаренко, подобная непоследовательность по отношению к высшему органу управления партизанским движением была связана с сильным влиянием на некоторых членов ГКО тогдашнего руководства НКВД в лице Л. П. Берии, который всячески противился руководству партизанским движением каким-либо органом управления вне его ведомства. Тем не менее центральный орган руководства вооруженной борьбой в тылу противника при Ставке ВГК был создан, что стало важным фактором, влиявшим на размах и организованность партизанского движения, появление и развитие всех форм партизанских действий в тактическом, оперативном и стратегическом масштабе.

Существенную роль в выборе содержания и форм партизанского движения сыграло материально-техническое обеспечение партизанских формирований. Рост партизанского движения, многогранная боевая деятельность партизанских отрядов, появившихся партизанских соединений, возрастание их потребности в оружии, боеприпасах, средствах связи, минно-взрывных и других средствах вызвали необходимость создания 20 июня 1942 года отдела материально-технического снабжения ЦШПД. Если до образования Центрального штаба и других штабов партизанского движения партизаны снабжались вооружением за счет выделения оружия военными советами фронтов и армий, трофеев и сбора его на местах прошедших боев, то теперь началось централизованное и планомерное снабжение оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, вещевым, медицинским имуществом и продовольствием.