Практика руководства партизанскими действиями партийными и советскими органами в рамках форм партийной и советской работы, а также войсковыми политорганами, показала их явную неспособность к выполнению задач по подготовке и переброске партизанских отрядов в тыл противника, планированию боевого применения партизанских отрядов и руководству боевыми действиями партизан, организации снабжения партизанских отрядов оружием, боеприпасами, минно-взрывными и другими средствами. Поэтому к ноябрю 1941 года военными советами фронтов в инициативном порядке были организованы специальные оперативные группы, которые взяли на себя руководство боевыми действиями партизан как составную часть управления войсками. Организацией восстановления советских и партийных органов на оккупированной территории продолжали заниматься различные партийные комитеты, а также отделы и отделения политорганов фронтов и армий[50].

Вопросы подготовки, вывода и руководства партизанскими отрядами в тылу противника выходили также за рамки разведывательного обеспечения операции и боя. Разведывательные отделы фронтов и армий пытались направить деятельность партизанских отрядов и диверсионных групп только на решение задач, возложенных на разведку. Этот недостаток, в частности, был отмечен в постановлении смоленского обкома ВКП(б) от 11 ноября 1941 года при анализе состояния партизанского движения в области: «Командование армий, дивизий и полков направляют деятельность партизанских отрядов и используют их односторонне, только для разведки, что ограничивает инициативу партизанских отрядов и их командиров по уничтожению живой силы, материальной части, транспорта и путей сообщения противника». Таким образом, наличие и ведомственная принадлежность органа управления специальными действиями являлась существенным фактором, влияющим на выбор задач и форм боевого применения партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу противника.

С началом войны стала очевидной необходимость широкого развертывания диверсионных действий партизанскими отрядами на коммуникациях противника и подготовки соответствующих специалистов. В июле 1941 года был создан Оперативно-учебный центр Западного фронта по подготовке партизан к проведению диверсий. Вскоре аналогичные центры и школы по подготовке партизан-диверсантов были созданы в других фронтах. Отсутствие в партизанских отрядах минеров-подрывников тормозило развитие и широкое применение таких эффективных способов диверсий, как крушение поездов, устройство засад с применением мин и управляемых фугасов, уничтожение объектов с помощью мин и фугасов, управляемых по радио, диверсий с применением мин-сюрпризов и других специальных акций с применением минно-взрывных средств.

Применение диверсий как способа действий в широких масштабах, кроме того, не представлялось возможным в результате отсутствия в достаточном количестве мин и зарядов, специально приспособленных для применения на коммуникациях противника. Табельные мины ТМ-35, ТМД-40, АМ-5, ПМД и другие, находившиеся на вооружении Красной Армии, оказались трудно применимыми в тылу противника. Они были громоздкими, тяжелыми и требовали значительного времени на установку и маскировку.