Второй этап (1938–1950 гг.) советского периода развития теории и практики специальных действий в своем начале характеризуется резкими изменениями в доктринальном подходе к этой проблеме. Официальная система взглядов на ведение войны после 1938 года более не допускает возможности какого-либо глубокого прорыва крупных группировок противника на территорию СССР и достаточно продолжительного нахождения на ней неприятельских войск. Соответственно, партизанские действия в оперативном и стратегическом масштабе не рассматриваются как одна из задач теории и практики военного искусства.

Боевая практика советско-финской войны в 1939 году заставила Разведывательное управление Ленинградского военного округа предпринять попытку формирования нештатных разведывательно-диверсионных подразделений, предназначенных для действий в тылу противника.

Однако вследствие поспешной подготовки, недостаточного вооружения и снаряжения значительная часть диверсионных групп погибла от холода, более трети групп попали в плен. Опыт войны с финнами убедительно доказал, что даже самые простые, но умело поставленные мины способны нанести наступающим войскам ощутимый урон, существенно снизить темп наступления, затруднить использование путей сообщения войсками и организацию подвоза предметов снабжения.

Однако единственным практическим выводом, который был сделан в организации диверсионных действий, стала реорганизация 5-го отдела (специального диверсионного) в составе Разведывательного управления Генерального штаба и введение в состав разведотделов штабов приграничных военных округов отделений «активной разведки». Практическая работа по формированию штатных диверсионно-разведывательных формирований и их подготовке в мирное время организована не была.

В мае 1940 года Народным комиссаром обороны СССР был назначен Маршал Советского Союза С. К. Тимошенко. Специально созданная в связи с этим комиссия во главе с секретарем ЦК ВКП(б) А. А. Ждановым осуществила проверку Наркомата обороны и подготовила Акт его приема-передачи. В этом документе отмечалось, что на момент приема и сдачи Наркомат обороны не имел оперативного плана войны[37]. Соответственно, не было уже и планов ведения малой войны партизанскими и регулярными формированиями Красной Армии, в том числе в начальном периоде войны.

В конце декабря 1940 года – начале января 1941 года в Москве состоялось совещание высшего командного и политического состава Красной Армии, которое завершилось проведением двусторонних оперативно-стратегических игр на картах. На нем присутствовали руководящий состав Наркомата обороны и Генерального штаба, начальники Центральных управлений, командующие, члены военных советов и начальники штабов военных округов, армий, начальники военных академий, генерал-инспекторы родов войск, командиры некоторых корпусов, дивизий – всего более 270 человек.

Совещание тщательно и заблаговременно готовилось. По заданию Наркома обороны было поручено разработать 28 докладов по самым актуальным проблемам военной теории и практики. Однако ни в одном из докладов или выступлений не затрагивалась проблема организации и ведения малой войны в тылу противника. Даже при рассмотрении организации оборонительных действий в предполье в докладе начальника Генерального штаба генерала армии А. К. Мерецкова возможность каких-либо партизанских или других специальных действий не предусматривалась. В докладе командующего войсками Киевского особого военного округа генерала армии Г. К. Жукова задача нарушения подвоза запасов по железным и шоссейным дорогам, сковывание действий противника в его тылу возлагалась только на авиацию. Партизанские действия или другие действия малой войны в тылу противника не упоминались. В докладе командующего войсками Московского военного округа генерала армии И. В. Тюленева указывалось, что ведение современных войн вооруженными силами покоится только на двух основных формах боевых действий – на наступлении и на обороне. Не рассматривал проблему специальных действий в тылу противника в своем выступлении и начальник Разведывательного управления генерал-лейтенант Ф. И. Голиков, который заострил внимание на трех вопросах: о постановке службы ВНОС, о дорожно-мостовой службе и о службе регулирования