Над деисусными иконами стояли 25 праздничных икон. Завершался иконостас пророческим рядом: поясные изображения пророков были сгруппированы по 2-3 на каждой доске. Тябла верхних ярусов были резные, золоченые. Стены и столбы церкви опоясывали ряды икон в киотах резных, расписных, золоченых, обложенных просечным оловом на цветной слюде. И здесь у икон помещались пелены, всего же в соборе их было около сорока. Клиросы, аналои, шкафчики, скамьи, тощие свечи - все украшалось росписью и резьбой. Практически не было ни одной неукрашенной вещи. Освещался собор шестью паникадилами разнообразного устройства.
Иконостас в Успенском соборе считался по тому времени одним из самых больших на Руси. Начало созданию таких грандиозных ансамблей положил Андрей Рублев, который в 1408 году написал со своей артелью для Успенского собора Владимира более 80 икон. Рублевский иконостас надолго стал образцом для создававшихся вновь иконостасов в крупных соборных храмах. Подобных иконостасов в XV веке создавалось немало, но в наиболее полном виде дошел только иконостас из Успенского собора Кирилло-Белозерского монастыря. Его почти пятисотлетняя история полна событиями. Уже через 40 лет после написания все иконы стали обивать серебряными позолоченными басменными окладами, которые остались и поныне на деисусных и праздничных иконах. В 1630 году добавили еще один ярус из 25 икон - праотеческий. Хотя иконы для Успенского собора создавались в Москве на вклад знатного боярина Василия Ивановича Стрешнева, писал их вологодский иконник Ждан Дементьев, известный по работе в вологодском Софийском соборе. Позже, в 1645 году первоначальные царские врата заменили новыми, пожалованными царем Михаилом Федоровичем,- в великолепном серебряном позолоченном чеканном окладе прекрасной московской работы, сохранившимся до сих пор. Хорошо сохранившиеся оклады такого же рисунка получили тогда и местные иконы.
Существенно переделали иконостас в XVIII веке (после 1764 года). Древнюю тябловую конструкцию, при которой иконы вплотную рядами стояли на украшенных брусьях, в 1757 году заменили заурядным резным позолоченным иконостасом работы вологодского мастера резного цеха Василия Федоровича Деньгина, который сохранился до нашего времени. В XIX веке и без того невыразительную резьбу перезолотили, положив еще один толстый слой грунта. На многие местные иконы при перестройке иконостаса одели серебряные чеканные ризы. Значительная часть древних икон в новом иконостасе не поместилась, и их убрали. В праздничном ряду их оставили только 15, в деисусном - 16, а пророческий ряд убрали целиком, так как его длинные доски не укладывались в новую схему расстановки икон. Обойтись вообще без пророческого ряда было нельзя, поэтому под иконами местного ряда в "тумбах" вместо пелен написали на особых вставных досках полуфигурные изображения пророков. По-ремесленному робкая живопись, по-видимому, выполнена монастырскими иконописцами.
Долгое время убранные из иконостаса древние иконы стояли в алтаре, а затем их постепенно стали вывозить из монастыря и след многих потерялся. Оставшиеся в иконостасе памятники были очень изменены многочисленными поновлениями и не привлекали особого внимания. В местном ряду осталась только одна икона 1497 года - "О Тебе радуется", две другие находятся теперь в Третьяковской галерее, в том числе и храмовая главная икона "Успение". Остальные, стоящие сейчас в местном ряду иконы относятся к более позднему времени: "Неопалимая купина" к XVI веку, "Троица", "Предста Царица" к XVII веку и т. д.