Некрополь монастыря не сохранился за исключением двух надгробий, экспонируемых в трапезной палате.
Сравнительно недавно близ южной стены церкви Мартиниана была найдена белокаменная плита с изображением посоха и надписью: "Зде[сь] лежат мощи Ивши Ободаева". Ею было обозначено захоронение ярославского князя Ивана Ивановича Жирового-Засекина, из Рюриковичей, видимо, вкладчика Ферапонтова монастыря.
На втором надгробии читаем: "Лета 7205 (1696) года преставился раб божий иеромонах Зосима Ферапонтовский 29 сентября". Подобные могильные камни из валунов более традиционны для Белозерья.
Как мы уже сказали, Мартиниан ввел в монастыре общежительный устав, который строго регламентировал жизнь братии. Для того, чтобы раскрыть особенности монастырского устава, на экспозиции сделаны две реконструкции монашеской кельи и братской трапезы.
Введенный в монастыре устав был подобен уставу Кирилла Белозерского, о котором известно из Жития Кирилла, написанном во многом со слов Мартиниана. Важную роль в жизни братии играла их келья. Кирилл поучал: "Первым делом иди в келью, и келья всему тебя научит". Как и в монастыре, в келье нельзя было держать ничего своего. Нельзя было держать здесь даже воду для питья: когда брат хотел напиться, то, испросив разрешение у игумена, он отправлялся в трапезную. Единственное, что разрешалось иметь в келье - это книги и икону, да рукомойник, чтобы с чистыми руками к ним подходить.
Над кельей висит икона "Деисус" XVIII века, написанная, как свидетельствует резная запись на обороте, дьяком Самсоном Васильевым. Известны две рукописных книги из библиотеки монастыря, писцом которых был этот дьяк. Он умер в 1766 году и погребен у церкви Мартиниана.
В трапезной был также строгий порядок - все садились на свои места и хранили молчание. Но именно в трапезной инок мог обратиться к братии, правда, в форме молитвы или чтения соответствующего текста Писания, для чего необходимо было отойти к западной грани центрального столпа. Столы стояли вдоль северной, южной и западной стен, поэтому тот, кто сидел с противоположной от стены стороне стола, оказывался спиной к говорящему. В монастырях со столь строгими уставами в трапезных устраивались скамейки (переметные скамьи) с высокими спинками, перекинув которые, можно было удобно сидеть и смотреть на говорящего. Переметные скамьи, стоящие в экспозиции, единственные подлинные элементы убранства трапезной XVII века, напоминающие, что здесь не только принималась пища, но и совершалась духовная трапеза.
Наиболее важные должностные лица монастыря - игумен и старец-строитель имели в трапезной особые места. Кресло и стол игумена стояли у восточной грани столба напротив входа в церковь. За этим столом зачитывались грамоты и указы, присылавшиеся в монастырь, объявлялись решения, принятые игуменом и соборными старцами.
У южной грани находилось место старца-строителя. Круг его обязанностей не совсем понятен. Среди соборных старцев он занимал первое место. По-видимому, главной его обязанностью было духовное окормление братии. В последний период своей жизни Мартиниан был старцем-строителем.