Вопрос об отношении к падшим вызвал раскол среди духовенства: епископ Фабиан (236–250) колебался, можно ли принять обратно в лоно церкви падших, если они раскаятся; другие стояли за «милосердие», опасаясь ослабления христианских общин; третьи, во главе с епископом Новацианом, боролись против допущения в лоно церкви провинившихся. Деций, который в первую очередь направлял свой удар против «верхушки», арестовал «колеблющегося» Фабиана, который и умер в 250 г. в тюрьме. Во время выборов нового римского епископа боролись между собою «строгие блюстители старины», группировавшиеся вокруг Новациана, и шедшие на уступки в вопросе о падших. Избранным оказался Корнелий, столь же «колеблющийся», как его предшественник Фабиан. Отныне Новациану как «схизматику» (раскольнику) был закрыт путь к дальнейшей деятельности. Его писания выходили под чужим именем, в частности главную его работу «О троице» в IV в. приписывали то Тертуллиану, то Киприану. Продолжатель политики Фабиана подвергся той же участи, что и он: Корнелий был вскоре арестован, выслан императором в Чивитавеккиа, где в 253 г. умер. Избранным оказался опять «колеблющийся» Луций, который, по-видимому, был немедленно арестован, но вскоре снова стал епископом. Через несколько месяцев, 5 марта 254 г., Луций умер. Его преемник Стефан I (254–257) отличался той же примиримостью к падшим, что и его предшественники. Однако вопрос этот потерял свою остроту с прекращением преследований христиан. Впрочем, они повторялись при императоре Валериане, когда в 258 г. были убиты епископ Сикст II с шестью диаконами во время богослужения в катакомбах. Под впечатлением этой расправы епископская кафедра в течение почти года пустовала, и только в июле 259 г. епископом был избран Дионисий.

Во второй половине III в. римские епископы сумели использовать эти гонения в интересах усиления своей власти, распространяя среди верующих лживые измышления о «мученической» смерти не только Сикста II, но и его предшественников и преемников. Римский епископ возглавил все епископства Апеннинского полуострова и близлежащих островов. Он присвоил себе право не только отлучать епископов, но и назначать. Вскоре его власть распространилась на значительную часть Галлии и Испании, а также Северной Африки, причем в одной только Италии к концу III в. насчитывалось свыше 160 епископств, составлявших так называемый синодальный союз под контролем главной — римской — церкви (ecclesia principalis).

Царствование Диоклетиана (284–305) ознаменовалось новым преследованием христиан. Императорская власть нуждалась в едином для всех народов империи объекте поклонения и обоготворения в лице императора. Еще Август объявил умершего Цезаря богом Юлиусом и посвятил ему особый храм с жрецами. Западная часть империи не мирилась с идеей живого богочеловека; и император объявлялся богом лишь после смерти, когда сенат устраивал торжественную консекрацию (посвящение) и отправлял умершего императора в сонм небожителей.

Диоклетиан не пожелал ждать смерти, чтобы стать богом, и потребовал, чтобы перед ним падали ниц и чтобы ему при жизни отдавали божеские почести. Бюст императора занял место под орлами легионов, и у алтаря его имени приводили воинов к присяге. Но в римской армии находились люди — и их становилось все больше и больше, — которым их религия запрещала признавать божественность императора и вообще какого-либо бога, кроме одного. Конфликт был неизбежен, и Диоклетиан в 302 г. исключил из армии офицеров и солдат, исповедовавших христианство. Вслед за этим он в 303 г. запретил христианские собрания, приказал разрушать церкви, уничтожать богословские книги и потребовать отречения от христианской религии под страхом лишения гражданских прав. Когда в Сирии и Каппадокии, в ответ на эти меры, начались военные бунты, Диоклетиан приказал арестовать все духовенство и держать его закованным до тех пор, пока заключенные не принесут жертву богам Юпитеру и Геркулесу, воплощением которых считались Диоклетиан и его соправитель Максимиан. Наконец в 304 г. был издан четвертый эдикт, в силу которого все городское христианское население должно было принести богам жертвы под угрозой длительного тюремного наказания, пыток и даже смертной казни.