В первой половине V века возникло очередное еретическое учение — несторианство, названное по имени архиепископа Нестория [100], последователи которого отрицали догмат о божественной сущности Христа, утверждая, что Пресвятая Дева Мария родила простого человека — Иисуса, с которым потом Бог соединился нравственно и обитал в нем, как в храме, подобно тому как прежде Он обитал в Моисее и других библейских пророках. Третий Эфесский вселенский собор 431 года осудил и отверг ересь Нестория, вновь подтвердил непреложность Никеоцареградского Символа и запретил вносить в него какие бы то ни было изменения и дополнения.
В сороковых годах того же века архимандрит одного константинопольского монастыря Евтихий, отвергая ересь и защищая Божественное достоинство Христа, настолько переусердствовал, что сам впал в крайность и начал учить, будто в Иисусе Христе человеческое естество было совершенно поглощено Божественной сущностью, поэтому в Спасителе наличествует только одно Божественное естество. Последователей этого лжеучения назвали монофизитами (одноестественниками). Четвертый Халкидонский вселенский собор 451 года отверг монофизитство и определил истинное учение церкви: «Господь наш Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек; по Божеству Он вечно рождается от Отца, по человечеству он родился от Девы Марии и во всем подобен нам, кроме греха. При воплощении (рождении) Божественная и человеческая сущность соединились в Христе, как в едином лице, неслиянно и неизменно (вопреки Евтихию), нераздельно и неразлучно (вопреки Несторию). Монофизитство очень широко распространилось в Сирии и Египте, так как эти провинции особенно тяготились гнетом Византии и стремились от нее отделиться.
Христианская церковь при всем своем желании, разумеется, не могла предотвратить упадка Империи. Мало-помалу провинциальные епископы и их союзники по классу — земельные магнаты — начали склоняться к союзу с «варварскими королями», старались внушить им представление о святости и неограниченности их власти, и даже доказывали современникам не только неизбежность, но даже благодетельность грядущего падения Империи. Она, по словам пастырей, несет заслуженную кару за нечестие своих правителей, «варварские» же государи несравненно чище и нравственнее римлян и потому побеждают их. Таким способом западноимперская церковь приспосабливалась к изменившимся условиям и постепенно переходила на службу к новому господствующему классу — феодалам.