24 июля он назначается высочайшим рескриптом адъюнктом Академии наук по ботанике. Неутомимое стремление путешествовать не покинуло Лангсдорфа. Едва вернувшись из кругосветного путешествия, он уже готовился в качестве медика и хирурга участвовать в караване, отправляемом из Оренбурга в Самарканд и Бухару.
24 августа в Конференции Академии читается его письмо с просьбой инструкций и жалования вперед.
17 ноября Лангсдорф прибыл в Оренбург, но тут обнаружилось, что экспедиция назначена только на будущий год. Лангсдорф обратился к князю Волконскому с вопросом, как ему добиться разрешения за это время съездить за границу. Обязуясь возвратиться к августу следующего года, Лангсдорф поехал хлопотать об отпуске и получил его от министра коммерции, князя Салтыкова, в чем ему пришлось оправдываться перед Академией.
Отправляясь за границу (в Страсбург и Геттинген), Лангсдорф предлагает Академии быть полезным покупками книг, инструментов, коллекций и т.п.; кроме того, он намеревался уже издать кое-что из своих ботанических материалов (рисунки новых видов папоротника), уже готовое к печати и просил разрешения сделать это за границей.
Лангсдорф вернулся из-за границы 21 июня (ст. ст.) 1809 г. и с этого времени постоянно присутствует на заседаниях Академии и выступает с научными присутствует на заседаниях Академии и выступает с научными мемуарами по зоологии и ботанике: конференция 5 июня – докладывается «Beschreibung neyer Fischarten», 6 сентября он читает «Naturhistorische Beitrage». В этот день публикуется назначение его адъюнктом по зоологии. 4 октября докладывается отчет об орнитологических наблюдениях. 18 октября предлагается подписаться на работу о флоре Португалии, представив проспект таковой. Академия от подписки отказалась. 1 ноября – «Verzeichniss der Vogel im October» и т. д. Обработка материалов кругосветного путешествия берет, конечно, тоже много времени. В 1810 г. он начинает, совместно с Фишером, печатание большой ботанической работы, продолжавшееся несколько лет под заглавием: «Plantes recueillies pendant le voyage des Russes autour du monde par langsdorf et Fischer, Tаbingen 1810-1818». Еще раньше напечатаны вместе с Хорнером часовые наблюдения барометра в тропиках. От 1811 г. у нас имеется напечатанное в Мемуарах Академии (т. III, стр. 286-194) описание нового вида тетерева.
Здесь же, в Петербурге, закончил он 12 июня 1811 г. и свое главное двухтомное сочинение о кругосветном путешествии, неоднократно цитировавшееся выше. В следующем году оно появилось в печати в роскошном, объявленном по подписке, издании.
1 апреля 1812 года Лангсдорф назначен экстраординарным академиков по зоологии, а 17 июня 1812 г. назначен экстраординарным академиком по ботанике.
В сентябре (декабре?) того же года (1812), вероятно, по собственному своему желанию, Лангсдорф назначен был российским генеральным консулом в Рио-де-Жанейро в Бразилии с сохранением звания академика и академического жалования.
Едва ли назначение консула в Бразилию было продиктовано какими-нибудь коммерческими интересами, как это утверждает Кабани, говорящий о «коммерческих сношениях России с Бразилией»; скорее это назначение связано было с тем обстоятельством, что португальский дом Браганца, смещенный Наполеоном, в 1808 г, провозгласил Бразилию империей, и Рио-де-Жанейро стал резиденцией императора и двора.