22 декабря тело было доставлено из Кронштадта на санях по льду в Ораниенбаум, далее в траурном салон-вагоне – на Балтийский вокзал. В Петербурге по пути следования процессии были расставлены усиленные наряды полиции. У вокзала, который был полностью оцеплен, была «полиции масса». Чрез градоначальника последовало повеление процессии идти мимо Зимнего дворца, по набережной. В Иоанновский монастырь на Карповке тело было доставлено около 20 часов 30 минут, после чего начался парастас, совершенный епископом Архангельским и Холмогорским Михеем (Алексеевым), духовным чадом почившего.
23 декабря, в 5 часов утра, по распоряжению полицеймейстра полковника Галле, доступ народа в храм был прекращен. Корреспонденция газеты «Московские ведомости» из Петербурга, гласила: «В 9 часов утра, 23 декабря, начинает съезжаться в Иоанновский монастырь духовенство. Вокруг обители и в храме довольно пустынно: богомольцы сюда впускаются только по особым пригласительным именным билетам от игумении Ангелины, без которых полиция не пропускала даже духовенство… И вместо вчерашней религиозно-возбужденной толпы народной, рвавшейся на поклонение праху возлюбленного пастыря, виднеются лишь избранные и официальные лица… Наблюдается также чрезмерное обилие полицейских чинов, равных почти по численности приглашенной публике… Обидно было это безлюдье у гроба пастыря-народолюбца… Заупокойную литургию и последующее отпевание возглавил митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский) в сослужении архиепископа Финляндского Сергия (Страгородского) и иных архиереев, с сонмом духовенства. Надгробное слово в конце литургии, вместо запричастного стиха, произнес свойственник почившего протоиерей Философ Орнатский. Пред отпеванием слово также сказал митрополит Антоний (Вадковский)».
– Удивительная судьба профессора Михаила Шкаровского, известного историка, сотрудника госархива Санкт-Петербурга, – рассказывает Охлобыстин. – Он многие годы потратил на то, чтобы воссоздать историю жизни и смерти Иоанна Кронштадтского. История захоронения священника окутана цепью непонятных происшествий и мистических историй. Ведь даже после кончины священник из Кронштадта продолжал будоражить умы общественности. Шкаровский же сделал то, что оказалось не под силу многим другим.
Известно, что Иоанн скончался, в декабре 1908 года. Для его погребения, в Иоанновском монастыре был устроен храм-усыпальница, освященный в честь небесных покровителей его отца и матери, святого пророка Ильи и святой царицы Феодоры.
– Гроб с мощами святого Иоанна не был захоронен в землю, – объяснял доктор исторических наук Михаил Шкаровский. – Он находился в беломраморной гробнице над поверхностью земли в этой церкви-усыпальнице. К ней совершалось массовое паломничество.
После прихода к власти большевиков, несмотря на отчаянное сопротивление монахинь, мощи святого были перезахоронены сотрудниками ГПУ. Место погребения держалось в строжайшей тайне, дабы оно не стало объектом поклонения.
– У нас есть акт в архиве о том., что 1 марта 1926 года в присутствии родственников была замурована храм-усыпальница,