Руководил подавлением восстания приехавший из Москвы Серго Орджоникидзе. 31 августа 1924 года Коллегия Чрезвычайной комиссии Грузии объявила:
…События последних дней, когда меньшевистские бандиты совместно с князьками, дворянами, генералами и купцами произвели вооруженное выступление в Чиатурах и в некоторых других пунктах Грузии, показывают, что нет границы поползновениям контрреволюционеров и что самая суровая расправа со стороны органов пролетарской власти с преступниками, ввергающими трудовые массы в кровавую авантюру, способна предотвратить страну от повторения этих безумных попыток. Поэтому Чрезвычайная Комиссия Грузии постановляет… организаторов восстания против пролетариата и непримиримых врагов рабоче-крестьянской власти предать высшей мере наказания – расстрелу.
На основании этого и последующего постановлений были «расстреляны на месте 44 активиста заговора, в том числе 17 бывших князей и помещиков и 18 участников банды Чолокашвили, занимавшихся убийствами и грабежами».
2 сентября ЧК Грузии известила в газетах о расстреле 24 арестованных по обвинению в подготовке восстания. Среди них члены ЦК меньшевистской партии Хомерики, Чхинкашвили, Агава и Джугели, а также член ЦК партии народных демократов Цинамджгваришвили. 4 сентября объявили о расстреле еще 12 человек в Аджарии.
В Мцхете чекистам удалось задержать руководство «Комитета независимости Грузии»: председателя князя К. Андроникашвили, членов ЦК национал-демократов Я. Джавахишвили и М. Ишхнели, члена ЦК СДПГ(м) Ж. Джинорию, члена КНГ от партии грузинских эсеров М. Бочоришвили. Уже 5 сентября они обратились к повстанцам с призывом сложить оружие. Только князю Константину Чолокашвили удалось спастись: в конце 1924 года он вместе с частью своих бойцов бежал через Турцию во Францию.
Параллельно шла антименьшевистская кампания по отработанной схеме: митинги на заводах с требованием расстрела всех причастных к мятежу, в прессе публиковались письма трудящихся с подобными признаниями: «при меньшевиках жилось не то, что теперь, свободы не было никакой». Сообщалось, что 17 тысяч рабочих и крестьян с проклятиями покинули предательские ряды партии меньшевиков. Собрали совещание делегатов всегрузинского съезда бывших меньшевиков. Хотя среди участников восстания большинство составляли рабочие Чиатуры и крестьяне Мегрелии, пресса указывала, что все это интриги бывших помещиков. Как говорил секретарь Аджарского обкома партии Леван Гогоберидзе:
Вы знаете, товарищи, что в Грузии дворянство составляет 6 процентов населения. Это необыкновенный процент, которого нет ни в одной другой стране. Даже в Польше, стране панов, число дворян достигает 4 процентов. Мы должны сократить в Грузии процент дворянства.
Особую жестокость проявляли красноармейцы и чекисты в первые дни подавления восстания. Рассказывают о сотнях и тысячах жертв, расстрелянных без суда и следствия. В грузинском эмигрантском журнале «Кавкасиони» в 1964 году описывался такой эпизод:
В Чиатуре хватали всех, кто попадется под руку, даже тех, кто не участвовал в восстании, загрузили в эшелон, как будто для отправки в Тифлис, но у станции Квирила расстреляли из пулеметов запертых в вагонах людей. Никто из них не смог выжить.