Первоначально Царь и его советники приглашали на Патриаршество Константинопольского Патриарха, так как Вселенский Патриарх должен пребывать там, где находится «единый во вселенной » Православный Царь. Участник этих событий, входивший в свиту Патриарха Иеремии, Арсений Елассонский^* — греческий епископ, ставший позже русским архиепископом, — свидетельствовал: «Чрез несколько дней царь послал великого боярина своего, родного брата благочестивейший Царицы и Великой княгини госпожи Ирины, господина Бориса Годунова и великого государственного логофета господина Андрея Щелкалова к великому Патриарху. Явились они к нему с просьбою от имени Царя и всего его собора и великого Митрополита московского господина Иова, чтобы он остался в великой Москве, дабы именоваться Патриархом Московским и всей России и быть любящим отцом для царя и царицы. Весьма тронутый их приятными словами. Патриарх решился исполнить волю Царя, если бы ему не воспрепятствовали Монемвасийский^^ митрополит кир Иерофей, племянник Патриарха господин Димитрий, первый канонарх^^, Георгий логофет и Николай Аристотель из Афин, и, таким образом, они возвратились к Царю с великою печалью ».^

Только после того как Иеремия отклонил столь неожиданное и любезное приглашение, сославшись на то, что его клирики подобного не одобрят, только тогда и возникла мысль о поставлении русского патриарха. Как писал Арсений Елассонский: «После немногих дней послал их Царь к Патриарху с просьбою к нему возвести великого митрополита Москвы кир Иова в патриаршее звание, достоинство и на кафедру. Патриарх, выслушавши, таким образом, с радостию принял просьбу Царя и решился исполнить её».

17 января 1589 года в Москве открылся Освященный собор, который позже именовали «Собором Великого росийского (с одной буквой «с». — А.Б.) и Греческого царства». На нем присутствовала вся русская церковная иерархия: архиепископы, епископы, многие архимандриты, игумены и соборные старцы. При начале собора за его ходом внимательно наблюдал Патриарх Иеремия, которому сообщали все подробности и который составил специальный чин патриаршего поставления, соответствующий тому, что соблюдался в Константинополе (Царьграде). Спрашивали Иеремию и о кандидатуре претендента. Иеремия ответил: «Возвести на Московское патриаршество того, кого изберёт Бог, и Пречистая Богородица и великие чудотворцы московские...»

23 января прошло общее собрание уже в присутствии и греческой иерархии во главе с Иеремией. Совместными собеседованиями русские и греки избрали трёх кандидатов: Митрополита Московского Иова, архиепископа Новгородского Александра и архиепископа Ростовского Варлаама. Вся каноническая процедура поставления в патриархи соблюдалась неукоснительно.

Иеремия отправился с грамотой об избрании претендентов к Царю Фёдору Иоанновичу, которой его встретил в парадном зале Царского терема, окруженный боярами. Грамота была зачитана вслух, и из числа избранных Царь назвал имя Митрополита Иова. Такова ранее была процедура и в Империи Константина, которая потом соблюдалась и в Московском царстве. Узнав о своём избрании, Иов сказал: «Если меня, грешного, избрал святый Самодержец и Вселенский господин Иеремия со всем Освященным собором, я принимаю столь великий сан с благодарностью »^^ 26 января 1589 года в Успенском соборе Кремля состоялось «поставление Иова в Патриархи», или интронизация.