Постройка прототипов Ju 89 (равно, как и Do 19) велась в обстановке неопределенности, вызванной гибелью генерала Вефера (3 июня 1936 г. его Fie 70 разбился при взлете с аэродрома Дрезден-Клоцше — наземный персонал при подготовке к вылету забыл расконтрить элероны...). Н1овым начальником штаба люфтваффе стал генерал Альберт Кессельринг (Albert Kesselring), отдававший приоритет развитию тактической ударной авиации (пикирующих бомбардировщиков). В его видении дальнейшее развитие четырехмоторных бомбардировщиков являлось нерациональной тратой ресурсов. В ноябре 1936 г., всего за несколько недель до первого полета Ju 89V1, были объявлены требования к новому самолету — «бомбардировщику А», двухмоторной пикирующей машины (будущему Ju 88). Тем не менее, работы по четырехмоторным машинам некоторое время продолжались как бы по инерции.
Первый опытный образец Ju 89, 1937 г.
Ju 89V1
Постройка второго опытного образца Ju 89 в Дессау
Второй опытный образец Ju 89
7 декабря 1936 г. впервые поднялся в воздух первый прототип Ju 89V1 (заводской номер — WNr. 4911), несший гражданскую регистрацию D-AFIT. Fla машине стояли моторы Jumo 211 (1075 л.с.), вооружение отсутствовало. Первые тесты в воздухе показали недостаточную путевую устойчивость, поэтому пришлось переделать хвостовое оперение, увеличив площадь килей. Весной начались испытания Ju 89V2 (WNr. 4911; гражданская регистрация D-ALAT), также не несшего вооружения и оборудованного моторами DB 600А (960 л.с.). А 29 апреля 1937 г. вышло распоряжение о прекращении разработки четырехмоторных бомбардировщиков...
В дальнейшем испытания прототипов Ju 89 продолжались в рамках программы создания пассажирского Ju 90.
Ju 89V2 отличился летом 1938 г., установив 4 и 8 июня два мировых рекорда: сначала он поднял 5000 кг груза на высоту 9312 м, а затем — 10000 кг на 7242 м. Поскольку тогда вовсю шла маркетинговая кампания пассажирского Ju 90, то рекорды зарегистрировали за Ju 90V1 — несмотря на то, что самолет с таким обозначением разбился несколькими месяцами ранее...
С началом Второй мировой войны оба прототипа Ju 89 передали люфтваффе. Они вошли в состав транспортной эскадры KG z.b.V. 105 и использовались в ходе высадки в Норвегии.
Сборка фюзеляжа первого опытного Ju 90 на стапеле
В полете первый опытный Ju 90
В апреле 1936 г. Эрнст Циндель, главный конструктор Ju 89, начал в инициативном порядке разработку его пассажирского варианта. Это решение оказалось дальновидным. В январе 1937 г. работы были санкционированы рейхсминистерством авиации, и проект получил обозначение Ju 90. Однако было поставлено условие: отказаться от предусмотренных для Ju 89 моторов Jumo 211 или DB 600, которые полностью резервировались для боевой авиации, в пользу двигателей другого типа. Конструкторы «Юнкерса» остановили свой выбор на только разрабатывавшемся моторе BMW 139— 14-цилиндровой двухрядной «звезде» расчетной мощностью 1550 л.с. А после закрытия программы Ju 89 рейхсминистерство авиации разрешило использовать для первого прототипа пассажирского лайнера элементы конструкции недостроенного прототипа Ju 89V3. От него Ju 90V1 достался и заводской номер — 4913.