Сравнение первых секвенированных геномных последовательностей небольших вирусов положило начало эволюционной геномике. Стало ясно, что с помощью сравнительного анализа могут быть построены структурные и функциональные карты геномов, которые нельзя было охарактеризовать никаким иным способом, и что поразительная консервативность ключевых генов идет рука об руку с пластичностью архитектуры генома.

Одновременно с завершением развития СТЭ на заре молекулярной эволюции и молекулярной филогенетики эволюционная биология догеномной эпохи включала несколько концепций, таких как пандативы и канализация, выходящих за рамки неодарвинизма. В результате быстрый расцвет геномики в 1990-х годах происходил на фоне сложного, разнообразного ландшафта эволюционной теории и методологии.

Dawkins, Richard. (1976/2006) The Selfish Gene. Oxford: Oxford University Press. (Перевод: Докинз Р. Эгоистичный ген / Пер. с англ. Н. Фоминой. М.: Мир, 1993.)

Книга неоценимой концептуальной значимости, в которой впервые представлена плодотворная идея отбора на уровне индивидуальных генов.

Gould, S. J., and N. Eldredge. (1993) Punctuated Equilibrium Comes of Age. Nature 366: 223–227.

Краткий, но убедительный обзор данных в поддержку модели прерывистого равновесия.

Gould, S. J., and R. C. Lewontin. (1979). The Spandrels of San Marco and the Panglossian Paradigm: A Critique of the Adaptationist Programme. Proceedings of the Royal Society of London B Biological Sciences 205: 581–598.

Вероятно, одна из самых выдающихся статей во всей истории биологии, замечательная как непримиримым отстаиванием плюралистического взгляда на эволюцию в противовес панадаптационизму, так и духом Возрождения, которым пропитан весь текст.

Jacob, F. (1977) Evolution and Tinkering. Science 196: 1,161—1,166.

Великолепно написанная статья, которая остается незаменимой как опровержение идеи «естественный отбор как дизайнер» и обоснование определяющей роли исторического стечения обстоятельств в эволюции.

Kimura, Motoo. (1983) The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge, MA: Cambridge University Press. (Перевод: Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности Пер. с англ. М.: Мир, 1985.)

Дефинитивное изложение теории нейтральной эволюции ее создателем, сочетающее скрупулезный популяционно-генетический анализ с совершенно прозрачными пояснениями для биологов. Несмотря на то что практические аспекты книги несколько устарели, она остается непревзойденной по ясности изложения и легко читаемой.

Koonin, E. V., and V. V. Dolja. (1993) Evolution and Taxonomy of Positive-Strand RNA Viruses: Implications of Comparative Analysis of Amino Acid Sequences. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology 28: 375–430.

Исчерпывающий обзор ранних результатов сравнительной и эволюционной геномики обширного класса малых РНК-вирусов, одна из первых попыток глубокой эволюционной реконструкции. Основные выводы сохраняют свое значение, несмотря на последующий рост количества разнообразных секвенированных вирусных геномов.