Сотрудница музея Михаила Булгакова в Киеве Татьяна Рогозинская опубликовала отзыв врача Киевской духовной академии о состоянии здоровья профессора А. И. Булгакова:

«Профессор Киевской Духовной Академии Афанасий Иванович Булгаков в мае прошлого года заболел гриппом. Не оправившись достаточно от болезни, приступил к экзаменационным работам, причем обнаружилось у него сильное недомогание и слабость, к сему присоединилось резкое понижение зрения настолько, что больной вынужден был прекратить всякие занятия и приступить к серьезному лечению. В это время оказалось, что вышеописанные явления были результатом заболевания почек, что подтвердилось химически-микроскопическим исследованием выделений.

Несмотря на самое строгое систематическое лечение соответствующей диетой, лекарствами и проч., болезнь подвигалась вперед и в настоящее время как последующее явление наблюдается изменениями в деятельности сердца – порок.

Означенная болезнь – нефрит требует продолжительного систематического пользования диетой, ваннами и соответствующими климатическими условиями жизни.

1907 года, 15-го февраля.

Врач Академии, Доктор медицины К. Лепинский» [110].

За четыре дня до смерти, 10 марта 1907 года, Афанасий Иванович подал прошение об отставке: «Состоя около 22 лет на духовно-учебной службе и работая на этом поприще не щадя своих сил, я получил серьезное расстройство своего здоровья, которое, несмотря на принятые мною меры, не поддается лечению. Находясь в данное время в тяжелом болезненном положении, лишающем меня не только возможности продолжать службу, но и обходиться без постоянного постороннего ухода, покорнейше прошу Совет Киевской Духовной Академии ходатайствовать перед Святейшим Синодом о назначении мне полного оклада пенсии, причитающейся ординарному профессору за тридцатилетнюю службу, в размере 3000 рублей» [61].

Хотя ординарным профессором Афанасий Иванович фактически поработать не успел, его прошение было удовлетворено, и так получилось, что после смерти главы семьи его вдова и дети стали получать не меньше, а даже больше денег, чем при его жизни. Но для духовной истории Михаила Булгакова не менее существенно иное.

Афанасий Иванович умер за полтора месяца до того, как его старшему сыну исполнилось 16 лет, а тяжело заболел, когда ему было 15. Насколько были близки отец со своим первенцем, какое влияние оказывал на мировоззрение киевского гимназиста доктор богословия, говорить определенно мы не можем, если только не считать цитировавшегося выше отзыва о квасном монархизме и умеренном антисемитизме подростка, а также едва ли не единственной дошедшей до нас фразы об отце в письме Булгакова к своему другу и первому биографу Павлу Сергеевичу Попову в 1926 году: «Особое значение для меня имеет образ лампы с абажуром, это для меня очень важный образ. Возник он из детских впечатлений – образ моего отца, пишущего за столом» [156].

На похоронах профессор Богдашевский высказался о том, что Господь послал Афанасию Ивановичу «счастливейшую семейную жизнь… мы видели и восторгались красотою почившего как семьянина».