В состав управлений по субъектам Российской Федерации входят: управления ФНС России по республикам, управления ФНС России по краям (областям), управления ФНС России по административным (национальным) округам (автономным областям), УФНС России по г. Москве и УФНС России по г. Санкт-Петербургу. Управление является вышестоящим территориальным налоговым органом в соответствующем субъекте Российской Федерации.

В основе выделения вышеуказанных подразделений налоговых органов – государственное и административно-территориальное устройство России. В то же время в формировании ряда межрегиональных инспекций (например, по крупнейшим налогоплательщикам) лежит отраслевой принцип, т. е. принадлежность основного вида деятельности налогоплательщика к той или иной отрасли (сектору) экономики. Межрегиональные инспекции Федеральной налоговой службы (МИ ФНС России), также относящиеся к территориальным налоговым органам, находятся в непосредственном подчинении ФНС России и ей подконтрольны. Межрегиональные инспекции созданы трех типов: специализированные по крупнейшим налогоплательщикам; по централизованной обработке данных и по семи федеральным округам.

Управления федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации наделены полномочиями по контролю и надзору за соблюдением законодательства Российской Федерации о налогах и сборах на территории соответствующего субъекта Российской Федерации, полнотой и своевременностью внесения в бюджетную систему соответствующих территорий налогов и сборов.

Управления подотчетны ФНС России и информируют ее о результатах налогового администрирования на территории соответствующего субъекта Российской Федерации. Руководитель управления назначается на должность и освобождается от должности Министром финансов Российской Федерации по представлению руководителя ФНС

России. Руководитель представляет на утверждение в ФНС России структуру управления. Управление – вышестоящий территориальный налоговый орган в соответствующем субъекте Российской Федерации по отношению к инспекциям по городам, районам и районам городов, а также инспекциям межрайонного уровня.

Между всеми налоговыми органами существуют взаимоотношения, определенные Закона о налоговых органах Российской Федерации (в ред. Федеральных законов с изменениями и дополнениями, в том числе Законом от 27 июля 2006 г. № 137-ФЗ) и постановлением Правительства РФ от 30 сентября 2004 г. № 506 «Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе». Основной принцип таких взаимоотношений – вертикальная подотчетность, т. е. непосредственно центральному аппарату подотчетны налоговые органы второго уровня: УФНС России по субъектам Российской Федерации и межрегиональные инспекции; сответственно налоговым органам второго уровня подотчетны ИФНС России по городам, районам и городам без районного деления, а также инспекции межрайонного уровня. При этом между налоговыми органами существует четкое распределение функций.

Таким образом, каждый налоговый орган подчиняется непосредственно своему вышестоящему территориальному налоговому органу и соответственно ФНС России. Вертикальная подотчетность обусловливает порядок обмена информацией, взаимодействие и применение единых стандартизированных требований при осуществлении налогового администрирования. Поскольку ФНС России – вышестоящий налоговый орган, то ее указания относительно применения налогового законодательства подлежат обязательному исполнению всеми территориальными налоговыми органами.