Организации, подлежащие налоговому администрированию на региональном уровне, расположенные в субъектах Российской Федерации, на территории которых не предусмотрено создание межрайонных инспекций ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, подлежат налоговому администрированию в налоговом органе по месту нахождения крупнейшего налогоплательщика с возложением контроля над его налоговым администрированием на управление ФНС России по субъектам Российской Федерации.

Крупнейшие налогоплательщики, подлежащие налоговому администрированию на федеральном или региональном уровне, полномочия по управлению делами которых переданы ликвидационной комиссии либо в отношении которых применяется процедура конкурсного управления, не подлежат переводу на учет в межрегиональные (межрайонные) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам.

Постановка на учет крупнейшего налогоплательщика осуществляется в межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, к компетенции которой отнесен налоговый контроль над соблюдением данным крупнейшим налогоплательщиком законодательства о налогах и сборах. Постановка на учет крупнейших налогоплательщиков осуществляется в соответствии с графиками перевода крупнейших налогоплательщиков, подготавливаемыми управлениями ФНС России по субъектам РФ и межрегиональными инспекциями ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам и утверждаемыми ФНС России.

Процедура постановки на учет крупнейшего налогоплательщика в указанной инспекции начинается с запроса межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам у инспекции ФНС России, в которой крупнейший налогоплательщик состоит на учете по месту своего нахождения, заверенных в установленном порядке копий документов, содержащихся в учетном деле крупнейшего налогоплательщика, а также документов по налоговому контролю и лицевых счетов.

Межрегиональная (межрайонная) инспекция ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам после получения документов от инспекции ФНС России по месту нахождения организации направляет заказным письмом с уведомлением крупнейшему налогоплательщику уведомление о постановке на учет в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика по форме, утвержденной приказом ФНС России от 26 апреля 2005 г. № САЭ-3-09/178[11].

Таким образом, обязанности по учету крупнейших налогоплательщиков, включая обязанность по информированию о постановке их на учет в качестве таковых, возлагаются на налоговые органы без участия налогоплательщиков и не влекут для них неблагоприятные имущественные последствия или нарушение их прав.

Налоговый кодекс предусматривает также механизм, позволяющий минимизировать издержки, связанные с осуществлением налогового контроля: налогоплательщики вправе представлять налоговые декларации по почте и в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи (п. 3 ст. 80 НК РФ); при осуществлении учета крупнейших налогоплательщиков сохраняются гарантии, предусмотренные в рамках налогового контроля, такие как ограничение продолжительности проверяемого периода (часть первая ст. 87 НК РФ), запрет повторности выездной налоговой проверки в течение определенного периода, вне зависимости от статуса налогового органа, проводившего первоначальную налоговую проверку, и предельные сроки глубины налоговой проверки (часть вторая ст. 89 НК РФ)