В качестве руководителя ФСБ Путин произвел ряд кадровых и структурных изменений, упразднил два крупнейших управления ФСБ: экономической контрразведки (УЭК) и контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРО-СО), создав вместо них шесть новых управлений.

Путин добился регулярного финансирования ФСБ и непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу, -- повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, уравняв их с работниками СВР и ФАПСИ. 29 марта 1999 года Путин был назначен секретарем Совета безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ.

В ПЕРИОД ДИРЕКТОРСТВА ПУТИНА В ФСБ В РОССИИ БЫЛИ СОВЕРШЕНЫ СЛЕДУЮЩИЕ КРУПНЫЕ ПРЕСТУПЛЕНИЯ (ПОЧТИ ВСЕ ОСТАВШИЕСЯ НЕРАСКРЫТЫМИ):

Убийство на даче под Смоленском президента Ассоциации российских производителей бриллиантов Александра Шкадова (1 августа 1998 года).

Покушение на мэра Махачкалы Сайда Амирова (8 августа 1998 года).

Взрыв у здания приемной ФСБ на Лубянке (13 августа 1998 года). По обвинению в организации этого взрыва в 1999 году был арестован Александр Бирюков из левацкой группы "Новая революционная альтернатива", признанный впоследствии параноидальным шизофреником.

Убийство главного редактора журнала "Юридический Петербург сегодня" Анатолия Левина-Уткина (20 августа 1998 года).

Убийство во дворе Центральной мечети Махачкалы муфтия Дагестана Саид-Мухаммада Абубакарова и его брата (21 августа 1998 года).

Убийство в Подмосковье президента Российского общественного фонда инвалидов военной службы Алексея Вуколова (3 сентября 1998 года).

Очередное покушение в Махачкале на Сайда Амирова (4 сентября 1998 года).

Убийство в Санкт-Петербурге заместителя председателя городского комитета по потребительскому рынку Евгения Ага-рева (28 сентября 1998 года).

Похищение в Грозном (29 сентября 1998 года) и убийство (3 октября 1998 года) заместителя представителя правительства РФ в Чечне Акмаля Саидова.

Убийство радиоуправляемой миной президента АО "Петербургская топливная компания", бывшего кандидата на пост губернатора Санкт-Петербурга Дмитрия Филиппова, доверенного лица Геннадия Селезнева (умер 13 октября 1998 года от ран, полученных 10 октября).

Ранение в Санкт-Петербурге в результате покушения советника и спонсора Селезнева Михаила Ошерова (16 октября 1998 года).

Убийство в Москве гендиректора ЗАО "Томск-Нефть-Восток" Александра Берлянда (20 октября 1998 года).

Убийство в Московской области следователя спецпрокуратуры Юрия Кереся (20 октября 1998 года).

Покушение в Грозном на муфтия Чечни Ахмед-Хаджи Кадырова (26 октября 1998 года).

Убийство заместителя гендиректора АО "Челябэнерго" Николая Щапина (1 ноября 1998 года).

Убийство начальника транспортной милиции Новороссийска Евгения Федорякина (5 ноября 1998 года).

Убийство в Москве советника губернатора Кемеровской области Александра Гонтова (18 ноября 1998 года).

Убийство в Санкт-Петербурге Галины Старовойтовой (28 ноября 1998 года).

Покушение на убийство первого зампрефекта Центрального округа Москвы Петра Бирюкова (28 ноября 1998 года).

x x x

Покушение на первого заместителя главы администрации Омской области Андрея Голушко. Голушко тяжело ранен (22 марта 1999 года).