9 августа 1945 года нарком авиапромышленности подписал приказ «Об устранении дефектов на самолетах Як-9 с мотором ВК-107А» в кратчайшие сроки. Спустя 15 дней вышло постановление ГКО о приостановке выпуска самолетов Як-9 с моторами ВК-107А, которым заводу № 31 предписывалось устранить дефекты на Як-3 с ВК-107А, аналогичные выявленным на Як-9 с ВК-107А.
К концу августа 1945 года завод № 31 успел выпустить 36 машин, из которых шесть сдал военному представительству по готовности к бою. К октябрю для ВК-107А был разработан и испытан новый маслорадиатор № 700. На заводе № 115 его установили на головной серийный самолет Як-3 № 7003 и с 8 ноября по 3 декабря 1945 года провели летные испытания. На машине также изменили схему продува внутренних выхлопных коллекторов и добавили расходный бензобак. Это позволило обеспечить рабочие температуры системы охлаждения и смазки на всех режимах работы мотора ВК-107А в допустимых пределах. Но на повторные государственные испытания машину не передавали.
В марте 1945 года в инициативном порядке на заводе в Саратове началась подготовка к выпуску цельнометаллического крыла и сборка первого Як-3 с мотором ВК-107А, вооруженного тремя пушками Б-20. 30 апреля эту машину выкатили на аэродром. В мае на ней планировалась отработка топливной и масляной систем двигателя, отстрел вооружения и испытания в воздухе. 16 мая 1945 года первый серийный самолет Як-3 ВК-107А завода № 292 поднялся в воздух. До конца мая на самолете выполнили три полета, показав максимальную скорость у земли 594 км/ч и 707 км/ч – на второй границе высотности.
На втором самолете № 0201 провели цикл статических испытаний, а первый серийный экземпляр машины, после завершения заводских испытаний по определению летных данных и температурных режимов систем водо– и маслоохлаждения, передали на эксплуатационные испытания для проверки прочности ее агрегатов. Поскольку на самолете № 0101 было установлено не усиленное крыло, испытания проводились только на посадки. После 349-й посадки сорвалась с заклепок рубашка тормозного диска правого колеса, на 360-й – лопнула обойма внутреннего подшипника левого колеса. Испытания прекратили после 365-й посадки из-за обрыва 5-й группы шатунов двигателя ВК-107А.
Уже после этого при разборке правой амортизационной стойки в ее цилиндре обнаружили поломку «иглы». Естественно, были приняты соответствующие меры по устранению обнаруженных дефектов.
После этого все три Як-3 ВК-107А Саратовского завода передали в НИИ ВВС. Государственные испытания машины начались 10 апреля 1946 года, и 20 мая из-за неудовлетворительной работы силовой установки они были прекращены.
После доводки в ЛИИ 29 июня Як-3 ВК-107А № 0101 поступил на повторные государственные испытания, проходившие с 5 по 30 июля. В ходе испытаний к ним подключились самолеты № 0301 и № 0401 (полетный вес – 2991 кг). Причем в состав вооружения первых двух машин входили мотор-пушка Б-20М и две синхронные Б-2 °C с общим боекомплектом 360 патронов, а № 0401 предъявили с двумя синхронными орудиями.