Но у руководства ГУ ГВФ были свои виды на самолет такого класса. В письме заместителю Совмина СССР Д. Ф. Устинову от 18 января 1963 года начальник ГУ ГВФ Е. Логинов отмечал, в частности:
«По числу мест и взлетно-посадочным характеристикам самолет Як-40 удовлетворяет техническим требованиям ГВФ. Однако при изучении этого предложения было установлено, что не учтен комплекс оборудования для полетов в сложных метеоусловиях, компоновка кабины не предусматривает необходимых багажных помещений, нет гардероба для верхней одежды пассажиров. Устранение этих недостатков привело бы к увеличению размеров и веса самолета, что, в свою очередь, скажется на ухудшении взлетных характеристик и общей экономичности самолета.
Поскольку не было других предложений о создании 20—25-местного самолета и испытывая острую потребность в самолете этого типа, «Аэрофлот» рассматривал предложения тов. Яковлева как возможный вариант осуществления постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР. Но в связи с тем, что выявилось более выгодное с народно-хозяйственной точки зрения решение этой проблемы путем постройки самолета Ил-70, ГВФ, естественно, поддерживает это последнее предложение и просит об осуществлении проекта тов. Ильюшина».
В том же 1963 году проработали вариант Ил-70 с четырьмя двигателями АИ-25, полностью отвечавший требованиям «Аэрофлота». Самолет мог перевозить до 25 пассажиров со скоростью 600 км/ч, при этом потребная длина грунтовой ВПП не превышала 700 метров.
Вслед за этим в сентябре 1963 года в ГУ ГВФ рассматривалось предложение Яковлева по созданию вертикально взлетающего самолета Як-40, оказавшееся весьма привлекательным для «Аэрофлота». По расчетам, с тремя форсированными маршевыми двигателями Р19–300 тягой по 1200 кгс каждый и шестью подъемными РД36 самолет мог перевозить до десяти пассажиров с крейсерской скоростью 500–550 км/ч на расстояние до 600 км.
Для взлета с 20 пассажирами с использованием режима короткого взлета требовалась ВПП длиной чуть больше 100 метров. При обычном разбеге самолет с 24 пассажирами мог летать со скоростью 600–650 км/ч на расстояние до 600 км. При этом потребная длина ВПП не превышала 600 метров.
В 1963 году О. К. Антонову поручили улучшить взлетно-посадочные характеристики Ан-24, а Г. М. Бериеву – разработать эскизный проект самолета-амфибии для местных авиалиний с отечественными двигателями, и никаких планов в ГКАТ по созданию в этих ОКБ реактивных самолетов для местных авиалиний не было.
Тем временем проработка СВВП Як-40 продолжалась некоторое время, но в соответствии с августовским 1964 года Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР в ОКБ-473 О. К. Антонова и ОКБ-49 Г. М. Бериева началась совместная разработка регионального 24-местного пассажирского самолета, получившего обозначение Ан-Бе-20. Мини-лайнер рассчитывался под три ТРД АИ-25, расположенных в хвостовой части фюзеляжа.
Тогда же аналогичное задание было выдано и ОКБ-115. В соответствии с приказом ГКАТ от 9 сентября 1964 года ОКБ-115 предписывалось начать разработку рабочих чертежей самолета и оснастки с параллельной доработкой макета. Тем же документом заводу № 475 предлагалось построить шесть экземпляров Як-40. Из приказа ГКАТ следует, что к осени 1964 года в ОКБ-115 уже был макет Як-40.