Выступая против теологов, отрицавших значение разума, аль-Фараби говорит, что они не способны оперировать доводами разума, логикой, и поэтому прибегают или к репрессиям, или к софистике и лжи. «Другие же из них, — когда видят, что рассуждения, приводимые ими в поддержку подобных вещей, недостаточны, чтобы полностью подтвердить истинность тех вещей, — то для того, чтобы заставить замолчать противника, — из-за истинности их у него, а не потому, что он не в состоянии сопротивляться им своим словом, — они вынуждены, при всем этом, применять действия, которые принуждают его молчать и не сопротивляться либо из робости, либо опасаясь зла. Другие же, — когда их религия является для них истинной, — не сомневаются в ее истинности и считают нужным отстаивать ее перед другими, совершенствовать ее, устранять в ней сомнение и защищать ее любыми средствами от противников. Им позволено применять ложь, обман, клевету и упорство…» (3, 191–192).

В философии аль-Фараби как одно из основных можно рассматривать положение о разуме, его сущности — космической и социальной, нравственной, которое предопределило и тенденцию отграничения философии от религии, а не примирения их в пользу монопольных притязаний последней на суждения человека о мире и самом себе, г. е. то, что получило название теории «двух истин», и содержание вполне продуктивной для своего времени теории познания и логики.

Постановка вопроса о взаимоотношении философии и религии, которую дает Абу-Наср, находит объяснение в реальном социально-историческом контексте, но имеет отношение и к современной реальности стран Востока, где наблюдается тенденция превратить религию в универсальный интегрирующий фактор социально-национального возрождения и развития. В самих исторических условиях и уровне сознания сообщества интеллектуалов коренилась возможность эмансипации философии от религии, противопоставления их и в некоторых случаях даже отдача приоритета философии. Причем общий «теологизированный» характер общества под маркой «учета специфики Востока» вовсе не должен смягчаться. В этом подчеркивании своеобразия положения философии в мусульманском мире и известной «терпимости» ислама можно легко перейти меру. Так, Роузенталь пишет, что средневековое мусульманское общество этого периода было периодом «торжества знания». Тогда развитие всех сторон культуры можно чуть ли не вменять в заслугу Корана и исламской религии.

Реальный социальный смысл арабоязычной философии вовсе не был так прост, что произошло обособление двух сфер — философии и религии — в отличие от средневековой европейской ситуации, где философия целиком формировалась как «служанка богословия». И в раннесредневековом феодальном обществе времен аль-Фараби вовсе не было «благодатной атмосферы» для философии, тем более для открытого свободомыслия. Это было «теологизированное общество», хотя и не имевшее церкви и чего-то аналогичного церковным соборам, хотя и не столь часто прибегавшее к казням над инакомыслящими, но вовсе не «мягкое» и, конечно, не «добродетельное». Теологические споры здесь, как и на Западе, подчас были прикрытием политических мотивов, но вовсе не носили характера свободных и безобидных диспутов. Внешность как будто свидетельствует в пользу «свободного» статуса философов. Они часто выступают в функции ученых, юристов, советников, лейб-медиков, даже как бы отодвигая на второй план служителей религии. Все эти функции философа были сугубо прагматическими, они тем самым споспешествовали тому ходу дел, который устраивал власть имущих. Но никто не давал гарантии, что за пределами приносимой «пользы» и «увеселения приятными разговорами» философ будет терпим, что он будет избавлен от травли, преследований и гонений.