Стиль мышления Абу-Насра отличается рационалистическим максимализмом, уверенностью в предназначении человеческого разума решить не только проблемы познания, но и этики и политики. При всем игнорировании материальных условий бытия человека, непонимании их значения, идеалистичности упования на разум этот максимализм таил в себе здоровое ядро, несовместимое с мистикой, суевериями, авторитарным способом устроения человеческого общежития, и потому оказал воздействие на последующее развитие прогрессивной философской мысли.

Ярко выраженной чертой творческого почерка аль-Фараби является методологизм. Все общефилософские проблемы он доводит в конечном счете до методологического уровня, до выяснения способов и форм постижения реальности. Выработанные им методологические установки находят применение при рассмотрении широкого круга тем: поэзии и искусства, физики и математики, астрономии и теории музыки, медицины и этики. С наибольшей силой эта черта мышления аль-Фараби проявляется в «Большой книге музыки». И в классификации наук он занят не просто систематизацией или каталогизацией, а методологической проблемой внутренней субординации научного знания и логикой процесса освоения его, вытекающей из архитектоники здания науки. К различию философии и религии в уровнях освоения мира, к оценке различных наук, в частности и в особенности астрологии, он подходит с методологической точки зрения.

Нельзя не считаться с элементами эзотеричности, зашифрованности в изложении мысли. Сам аль-Фараби об этом говорит неоднократно, считая, что истина во всей своей глубине вначале не всегда может быть понятна и поэтому ее следует оберегать от вульгаризации, опошления. Жесткие рамки дозволенного, определенные ортодоксией, должны быть приняты как «правила игры». Вынужденность говорить обиняком проявляется и в стилистике письма. Очень часто перечисляются различные мнения без оценки и без четкого, специально оговоренного отношения автора к ним. В логических трактатах аль-Фараби подчас задевает «острые углы», но якобы не касаясь их собственного смысла, а лишь рассматривая под сугубо профессионально-логическим углом зрения. Эта эзотеричность не доходит до мистицизма «посвященных», она прозрачна для тех, кто хотел понять ее, для его единомышленников-продолжателей, и вместе с тем она вполне оправданна и понятна в условиях господства ортодоксии, фанатизма, демагогии. Высокое покровительство могло обернуться опалой, жизнь при дворе — настоящей тюрьмой. Но в царстве разума в конечном счете нет ничего скрытого, все явлено и светло, и поэтому не следует слишком преувеличивать эзотеричность.

Философские воззрения аль-Фараби могут быть правильно поняты в их самобытности, если мы воспримем их как конкретно-историческую систему положений, связанную с определенной эпохой и отражающую ее. Совершенно ясно, что в эту эпоху не могла быть построена открыто материалистическая философская система. Игнорировать конкретный характер способа мышления эпохи, разделить весь мыслительный материал этой эпохи на «элементы науки» и на мистику, суеверие и хлам — такой подход к средневековью, в частности к тому периоду развития феодализма на Востоке, с которым связано имя аль-Фараби, был бы изменой принципу историзма. Ведь способ мышления каждой эпохи есть своеобразное целое, находящееся в процессе своей исторической эволюции.