С началом боевых действий против оккупантов отряд в катакомбах и разведывательные группы в городе и в прилегающих к каменоломням селах значительно выросли.
«В добровольцах нет недостатка, — сообщал Молодцов в Наркомат государственной безопасности. — Вот где я ощущаю, что значит для чекиста опираться на массы…»
Уже 16, 17 и 18 октября партизаны-бадаевцы развернули активную боевую деятельность. В эти первые три дня оккупации Одессы их пули скосили не менее 60 фашистов. Спустя несколько дней полетел под откос первый вражеский эшелон. Для подрыва эшелона были использованы мины, изготовленные в подземном «арсенале» механиком Иваном Ивановым и им же опробованные на противнике. До конца 1941 года бадаевцы, базируясь на Нерубайские и Усатовские каменоломни, не раз вступали в бой с карателями, минировали шоссейные дороги, разрушали железнодорожное полотно на участке Одесса — Раздельная, пустили под откос четыре железнодорожных состава с боеприпасами и войсками. В ночь на 17 ноября группа во главе с Ивановым и Зелинским подорвала поезд-люкс, которым в Одессу ехали чиновники будущей администрации «Транснистрии» (так оккупанты наименовали советские территории между Днестром и Бугом, северная граница которых лежала на линии Могилев — Жмеринка); в этой операции было уничтожено до 250 оккупантов. Информацию о прибытии этого поезда добыл один из разведчиков-бадаевцев, а в катакомбы доставил ее Яша Гордиенко.
Каждый бадаевец был одновременно бойцом-мстителем, разведчиком и политическим работником среди населения. Документы, захваченные у врага, в частности доклад одесского центра румынской королевской службы специальной информации (ССИ-3) и доклад прокурора румынского военно-полевого трибунала, свидетельствуют о том, что бадаевцы не ограничивались диверсиями на железной и шоссейных дорогах и уничтожением вражеских солдат и полицейских в открытых схватках. Они распространяли среди населения антифашистские листовки, выявляли активных пособников и агентов фашистской охранки, выводили из строя автотранспорт, применяя специальные гвозди-шипы для порчи автопокрышек, готовили взрыв в германском консульстве, ликвидировали комиссара полиции Андрееску и префекта полиции города Одессы Поповича, которые чинили кровавые расправы и издевались над мирным населением. Патриоты обнаруживали военные объекты противника и сообщали о них в Центр, после чего советская авиация бомбила эти объекты. По заданию Москвы Молодцов готовился установить связь с киевским чекистским подпольем. Для этого под видом командировки за сырьем для пивоваренного завода в Киев должны были отправиться Николай Милан и Петр Вишневский. Во главе завода стоял бадаевский разведчик П. И. Продышко, пристраивавший на завод и других подпольщиков.
От разведчиков в катакомбы, к Молодцову, а от него в Москву поступала самая разнообразная (военная, политическая, экономическая) информация, касающаяся всего района Междуречья (территории между Днестром и Южным Бугом). В Центр регулярно передавались сведения о переброске тяжелых орудий, о расположении зенитной артиллерии и батарей береговой обороны на участке Одесса — Очаков, о складах горючего в городе Первомайске, командном составе и передислокации частей немецкой и румынской армий, о минировании побережья, передвижении войсковых соединений на советский фронт. В Москву был передан фашистский план защиты Одессы (оккупанты, у которых земля горела под ногами, уже тогда опасались подземного, морского и воздушного десантов и баррикадировали улицы города по специальному плану защиты; всем жандармам и полицейским по этому плану было приказано спать одетыми, всегда быть готовыми к действию).