В 597 году согласие между скифами и Вавилоном нарушилось по неизвестному поводу. Над Вавилоном нависла угроза со стороны скифов и подвластных им Ванского и Маннейского царств. В числе врагов Вавилона пророк Иеремия называет и мидян, но, по Геродоту, именно ими опасность для Вавилона была ликвидирована. Мидийский царь Киаксар в 595/594 году, заманив скифских царей на пир, перебил их (Геродот, I, 106) и таким образом обезглавил Скифское царство. Надо полагать, что измена мидян была подстроена Вавилоном, согласившимся на передачу им доставшихся скифам бывших ассирийских владений. Действительно, мидяне немедленно после убийства скифских царей приступили к захвату подчиненных скифам областей. Дезорганизованные гибелью своих вождей скифы не могли оказать сильного сопротивления и вынуждены были отступать на запад, к границе с Лидией. Один из эпизодов войны мидян со скифами стал известен благодаря археологическим раскопкам в местности Кармир-Блур (Красный Холм) возле Еревана. Там находилась ванская крепость Тейшебаини, занятая, как показали сделанные в ней находки, скифским гарнизоном. Мидяне штурмом овладели этой крепостью и сожгли ее. Вероятно, так же они расправлялись и с другими опорными пунктами скифов в их владениях, в том числе и со столицей Ванского царства городом Тушпой на озере Ван.

Маловероятно, что при первых же ударах мидян скифы покинули Азию и бежали в Северное Причерноморье. А именно так представляет себе события В.А. Белявский, датирующий окончание двадцативосьмилетнего господства скифов в Азии 595–594 годами. На самом деле мидянам понадобилось более пяти лет, чтобы овладеть подчиненными скифами областями и в 590 году столкнуться с Лидией, тоже претендовавшей на скифское наследство. К этому времени Лидия уже успела оккупировать Каппадокию, где жили киммерийцы, вероятно, до этого тоже находившуюся в сфере скифской гегемонии. Туда же, по-видимому, оказались оттесненными и отступившие перед мидянами скифы.

По рассказу Геродота, война между Мидией и Лидией разгорелась потому, что лидийский царь Алиат отказался удовлетворить требование Киаксара о выдаче укрывшихся в Лидии скифов. По его словам, группа скифов, служивших Киаксару, в отместку за причиненную им обиду угостила его и других собравшихся на пир мидян мясом обучавшихся у них стрельбе из лука мидийских мальчиков и немедленно затем скрылась в Лидии. Трудно поверить, что даже столь возмутительное, но частное событие могло вызвать войну двух держав; оно могло послужить только поводом для нее. Подлинная же причина, надо полагать, заключалась в том, что отступившие к границе Лидии скифы при поддержке киммерийцев усилили отпор мидянам, а заинтересованная в сохранении за собой Каппадокии Лидия пришла им на помощь. И конечно, Алиат встал на защиту не преступников, бежавших в его страну, как повествует Геродот (I, 74), а интересов Лидийского царства, совпавших в данном случае с интересами скифов.

Война с участием Лидии продолжалась еще более пяти лет с переменным успехом, пока наконец при содействии Вавилона, до этого занятого тяжелыми войнами с Египтом и Иудеей, между враждующими сторонами не был заключен мир, по которому владения скифов в Азии, включая Каппадокию, отошли к Мидии, граница которой, таким образом, отодвинулась на запад до реки Галис. Лидии пришлось удовольствоваться признанием ее власти над Фригией. Существенное добавление к своим владениям получила Киликия, ставшая теперь южным соседом мидийской Каппадокии.